南京大学有地球科学与工程学院、法学院、信息管理学院、天文与空间科学学院、化学化工学院、地理与海洋科学学院、大气科学学院、生命科学学院、医学院工程管理学院、匡亚明学院、海外教育学院、软件学院、建筑与城市规划学院、马克思主义学院、美术研究院。

文学院，文学院下设文学系、语言学系、文献学系、戏剧影视艺术系、大学语文部；

历史学院，历史学院下设中国历史系、外国历史系、考古文物系；

新闻传播学院 ，新闻传播学院下设新闻与新媒体系、广播电影电视系、应用传播系；

商学院，商学院下设经济学院和管理学院，经济学院又有经济学系、国际经济贸易系、金融与保险学系、产业经济学系、人口研究所；管理学院下设工商管理系、会计学系、营销与电子商务系、人力资源管理学系；