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国防科学技术大学指挥自动化系下设四个教研室：指挥自动化理论与方法教研室、指挥与控制教研室、信息资源管理教研室和军事运筹教研室。经过多年的培养和建设，初步形成了一支思想稳定、结构合理、能把握专业内涵与发展规律、适应军队信息化建设和军事斗争准备需求、具有高水平教学科研素质的师资队伍。现有教授9人，副教授12人，博士生导师4人，硕士生导师16人，具有博士学位的教员18名，有国外留学经历的教员6名。1人入选教育部“新世纪优秀人才培养计划”。
　　学科建设方面，指挥自动化系的主要专业包括：管理科学与工程、系统工程、军事运筹三个博士学位授权点，管理科学与工程博士后科研流动站，以及管理工程本科专业。其中，管理科学与工程一级学科为全国高等学校重点学科，在全国学位与研究生教育发展中心组织开展的一级学科整体水平评估中排名第四。
　　人才培养层次和类型覆盖本科生、学历研究生、专业学位研究生和继续教育。年招收本科生200人左右，研究生60人左右。开设80多门次本科生、研究生课程，年总学时近4000学时，承担了大量继续教育工作。培养的研究生有3篇获湖南省优秀硕士学位论文、1篇获学校优秀博士学位论文。
　　以信息系统建设的现实和发展需求为牵引，面向信息系统全生命周期，围绕信息组织、处理、展现与运用，在信息管理与信息系统、控制与决策、多媒体与虚拟现实、运筹与优化等方向，积极开展发展战略与理论研究、关键技术攻关和应用基础研究。
　　信息管理与信息系统
　　面向管理科学与工程学科信息资源管理研究方向，适应加强信息资源开发利用工作的现实需求，把握世界范围内信息管理与信息系统学科的内涵和发展趋势，主要在信息资源规划、信息资源分发、信息资源集成以及信息系统开发等四个方面进行探索性研究。
　　信息管理与决策
　　研究智能交互协作指挥空间技术、多源信息汇聚技术和基于复杂网络的信息作战运筹方法。
　　多媒体与虚拟现实
　　多媒体信息处理主要研究图像、视频等媒体信息的分类、分割、媒体语义提取与标准、基于内容检索、计算机辅助动画生成等技术；虚拟现实主要研究虚拟环境、数据与信息可视化、可视化环境综合集成等技术。
　　运筹与优化
　　围绕运用与决策优化问题，研究信息系统特别是航天信息应用系统的顶层设计、运筹优化和信息应用。运筹理论与方法、指挥控制优化与决策、军事模型与模拟、体系对抗等方面开展相关的研究。主要科研方向为卫星应用、军事需求工程、运筹与优化等。
　　现承担科研项目30余项，包括国家自然科学基金、国家科技攻关项目、国家863高技术项目、973项目、协作项目、地方外协项目等，近5年共获国家级科技进步二等奖1项，申请专利3项，软件著作权4项，出版专著、教材14部，发表论文进入国际三大检索百余篇。

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