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1.内部控制缺陷的定义与分类
内部控制缺陷是评价内部控制有效性的负向维度，如果内部控制的设计或运行无法合理保证内部控制目标的实现，即意味着存在内部控制缺陷。内部控制缺陷按不同的分类方式分为：设计缺陷与运行缺陷;财务报告内部控制缺陷与非财务报告内部控制缺陷;重大缺陷、重要缺陷与一般缺陷。
(1)设计缺陷和运行缺陷
内部控制缺陷按其成因分为设计缺陷和运行缺陷。设计缺陷是指内部控制设计不科学、不适当，即使正常运行也难以实现控制目标。运行缺陷是指内部控制设计比较科学、适当，但在实际运行过程中没有严格按照设计意图执行，导致内部控制运行与设计相脱节，未能有效实施控制、实现控制目标。
(2)财务报告内部控制缺陷和非财务报告内部控制缺陷内部控制缺陷按其表现形式分为财务报告内部控制缺陷和非财务报告内部控制缺陷。财务报告内部控制缺陷，是指在会计确认、计量、记录和报告过程中出现的，对财务报告的真实性和完整性产生直接影响的控制缺陷，一般可分为财务(会计)报表缺陷、会计基础工作缺陷和与财务报告密切关联的信息系统控制缺陷等。非财务报告内部控制缺陷，是指虽不直接影响财务报告的真实性和完整性，但对企业经营管理的合法合规、资产安全、营运的效率和效果等控制目标的实现存在不利影响的其他控制缺陷。
(3)重大缺陷、重要缺陷和一般缺陷
内部控制缺陷按其严重程度分为重大缺陷、重要缺陷和一般缺陷。重大缺陷，是指一个或多个控制缺陷的组合，可能严重影响企业内部控制的有效性，进而导致企业无法及时防范或发现严重偏离控制目标的情形。重要缺陷，是指一个或多个控制缺陷的组合，其严重程度虽低于重大缺陷，但仍有较大可能导致企业无法及时防范或发现偏离控制目标的情形，须引起企业重视和关注。一般缺陷，是指除重大缺陷、重要缺陷之外的其他控制缺陷。
2.内部控制缺陷的认定标准
企业对内部控制评价过程中发现的内部控制缺陷，应当综合分析缺陷的成因、表现形式及重要程度，并按照一定的标准将各项内部控制缺陷分别认定为重大缺陷、重要缺陷和一般缺陷。内部控制缺陷的认定标准和认定结果将直接影响内部控制有效性的结论。一般而言，如果一个企业存在的内部控制缺陷达到了重大程度，就不能认定该企业的内部控制是有效的。由于财务报告内部控制缺陷与非财务报告内部控制缺陷分别影响不同控制目标的实现，其表现形式各异，为此，财务报告内部控制缺陷的认定标准与非财务报告内部控制缺陷的认定标准也有所区别。
(1)财务报告内部控制缺陷的认定标准
财务报告内部控制缺陷的认定标准由该缺陷可能导致财务报表错报的重要程度来确定，这种重要程度主要取决于两方面因素：第一，该缺陷是否具备合理可能性导致内部控制不能及时防止、发现并纠正财务报表错报;第二，该缺陷单独或连同其他缺陷可能导致的潜在错报金额的大小。
①重大缺陷。如果一项内部控制缺陷单独或连同其他缺陷具备合理可能性导致不能及时防止、发现并纠正财务报表中的重大错报，就应将该缺陷认定为重大缺陷。合理可能性是指大于微小可能性(几乎不可能发生)的可能性，对合理可能性的理解涉及评价人员的职业判断，且这种判断在不同评价期间应保持一致。重大错报中的“重大”，涉及企业确定的财务报表的重要性水平。一般而言，企业可以采用绝对金额法(如规定金额超过10 000元的错报应当认定为重大错报)或相对比例法(例如，规定超过净利润5%的错报应当认定为重大错报)来确定重要性水平。如果企业的财务报告内部控制存在一项或多项重大缺陷，就不能得出该企业的财务报告内部控制有效的结论。
②重要缺陷。如果一项内部控制缺陷单独或连同其他缺陷具备合理可能性导致不能及时防止、发现并纠正财务报表中虽然未达到和超过重要性水平、但仍应引起董事会和经理层重视的错报，就应将该缺陷认定为重要缺陷。重要缺陷并不影响企业财务报告内部控制的整体有效性，但是应当引起董事会和经理层的重视。对于这类缺陷，应当及时向董事会和经理层报告，因此也称为“应报告情形”。
③一般缺陷。不构成重大缺陷和重要缺陷的财务报告内部控制缺陷，应认定为一般缺陷。
(2)非财务报告内部控制缺陷的认定标准
企业可以根据自身的实际情况，参照财务报告内部控制缺陷的认定标准，合理确定非财务报告内部控制缺陷的定量和定性认定标准。其中：定量标准，既可以根据缺陷造成直接财产损失的绝对金额制定，也可以根据缺陷的直接损失占本企业资产、销售收入或利润等的比率确定;定性标准，可以根据缺陷潜在负面影响的性质、范围等因素确定。非财务报告内部控制缺陷认定标准一经确定，必须在不同评价期间保持一致，不得随意变更。
(3)常见的内部控制重大缺陷情形
当有确凿证据表明企业在评价期末存在下列情形之一时，通常应认定为内部控制重大缺陷：
①企业财务报表已经或者很可能被注册会计师出具否定意见或者拒绝表示意见。
②企业审计委员会和内部审计机构未能有效发挥监督职能。
③企业董事、监事和高级管理人员已经或者涉嫌舞弊，或者企业员工存在串谋舞弊情形并给企业造成重要损失和不利影响。
④企业在财务会计、资产管理、资本运营、信息披露、产品质量、安全生产、环境保护等方面发生重大违法违规事件和责任事故，给企业造成重要损失和不利影响，或者遭受重大行政监管处罚。
上述控制缺陷如果对企业财务报表的真实可靠性产生影响，则为财务报告内部控制重大缺陷;如果不影响财务报表的真实可靠，则为非财务报告内部控制重大缺陷。
3.内部控制缺陷的报告和整改
企业内部控制评价部门应当编制内部控制缺陷认定汇总表，结合日常监督和专项监督过程中发现的内部控制缺陷及其持续改进情况，对内部控制缺陷及其成因、表现形式和影响程度进行综合分析和全面复核，提出认定意见，按照规定的权限和程序进行审核后予以最终认定。
(1)内部控制缺陷报告
内部控制缺陷报告应当采取书面形式。对于一般缺陷和重要缺陷，通常向企业经理层报告，并视情况考虑是否需要向董事会及其审计委员会、监事会报告;对于重大缺陷，应当及时向董事会及其审计委员会、监事会和经理层报告。如果出现不适合向经理层报告的情形，如存在与经理层舞弊相关的内部控制缺陷，或存在经理层凌驾于内部控制之上的情形等，应当直接向董事会及其审计委员会、监事会报告。企业应根据内部控制缺陷的影响程度合理确定内部控制缺陷报告的时限，一般缺陷、重要缺陷应定期报告，重大缺陷即时报告。
(2)内部控制缺陷整改
企业对于认定的内部控制缺陷，应当制定内部控制缺陷整改方案，按规定权限和程序审批后执行;对于认定的重大缺陷，还应及时采取应对策略，切实将风险控制在可承受度之内，并追究有关机构或相关人员的责任。内部控制缺陷整改方案一般包括整改目标、内容、步骤、措施、方法和期限等，整改期限超过一年的，还应在整改方案中明确近期目标和远期目标以及对应的整改工作任务等。