一、国库集中支付业务的核算
实行国库集中支付的事业单位，财政资金的支付方式包括财政直接支付和财政授权支付。
在财政直接支付方式下，事业单位应按“财政直接支付人账通知书”中标明的金额确认财政补助收入，同时计入相关支出或增记相关资产。
在财政授权支付方式下，事业单位应按照“授权支付到账通知书”标明的额度确认财政补助收入，并增记零余额账户用款额度，支用额度时作冲减零余额账户用款额度的会计处理。
二、长期投资的核算
长期投资，是指事业单位依法取得的，持有时间超过1年(不含1年)的股权和债权性质的投资。事业单位依法取得长期投资时，应当按照其实际成本作为投资成本。
事业单位长期投资增加或减少时，应当相应增加或减少非流动资产基金，长期投资账面余额应与对应的非流动资产基金账面余额相等。
五、结转结余和结余分配的核算
事业单位应当严格区分财政补助结转结余和非财政补助结转结余。财政拨款结转结余不参与事业单位的结余分配、不转人事业基金，单独设置“财政补助结转”和“财政补助结余”科目核算。非财政补助结转结余通过设置“非财政补助结转”、“事业结余”、“经营结余”、“非财政补助结余分配”等科目核算。事业单位当年实现的非财政补助结余可以按照规定进行分配。