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公司设立协议，是在公司设立过程中，由发起人订立的关于公司设立事项的协议，性质上属于合伙协议。而公司章程是指公司的投资者制定的，对公司、股东、公司的管理人员具有约束力的调整公司内部组织关系和经营行为的自治规则。公司章程具有自治性，对全体股东具有约束力，违反内部事务自治的基本规则——公司章程要承担相关责任。
设立协议和公司章程具有一致性和许多相同之处。公司名称、注册资本、经营范围股东构成、出资形式和数额等事项是公司章程和设立协议必须注明的事项。公司章程一般以设立协议为基础，吸收设立协议的基本内容，包括：公司的组织机构、股份转让、增资、减资、合并分立、公司终止的情形等。虽然设立协议和公司章程目标具有一致性，但是，两者的性质和功能不同。
1、设立协议和公司章程的效力期间不同，设立协议是调整公司设立过程中的法律关系和法律行为，设立协议产生在公司成立前，公司的设立阶段，经发起人达成一致签字盖章即具有法律效力。公司章程是以公司成立为前提的，在公司成立后才能生效，对股东具有约束力。
2、设立协议不是公司设立的必要法律文件。而公司章程是公司设立必备的法律文件，任何公司登记成立都必须提交公司章程。只有股份有限公司规定了发起人必须签订发起人协议。《公司法》第八十条“股份有限公司发起人承担公司筹办事务。发起人应当签订发起人协议，明确各自在公司设立过程中的权利和义务。”
3、设立协议是不要式法律文件，根据当事人之间的意思表示形成，其内容更多的体现了当事人的意志和要求，属于契约，需要遵守合同法的一般规则;公司章程是要式法律文件，公司章程必须依据公司法制定，不能违反法律、和行政法规为前提。
4、设立协议和公司章程约束的对象不同，设立协议是全体发起人订立的，调整的是发起人之间的关系，在发起人之间具有法律约束力。公司设立过程中产生的权利和义务，发起人按照发起协议的约定承担。而公司章程调整的是股东之间、公司与股东之间公司与公司的治理机构之间的法律关系，即包括对原始发起人股东有约束力，也对按照公司章程和公司法规定后加入公司的股东具有约束力。
公司章程是法律规定的必备的法律文件，产生在设立协议之后。因此在公司成立后，应当以公司章程作为准则。设立协议和公司章程发生矛盾时以公司章程规定为准，发起协议只对原始的发起人具有约束力。