效益审计的过程主要包括审计立项、审计准备、审计实施和审计报告与后续跟踪四个阶段。(区别不同阶段的内容)
一、审计立项阶段
1.选择效益审计项目应考虑的因素(会判断)
(1)预计的审计效果。预计的审计效果越大，被选择作为审计项目的机会越大。
(2)资金规模。这里的资金规模主要是指被审计单位或项目的资金的规模，比如资产数额、总收入或总支出、投资额等等。一般来说，资金规模越大，财务的重要性越大，被选择作为效益审计项目的机会越大。
(3)管理风险。主要是指被审计单位或项目在管理方面缺乏经济性、效率性和效果性的风险。管理风险越大，开展效益审计后能够给被审计单位或项目带来的改进越大，因此，被选中作为效益审计项目的机会越大。
(4)影响力。主要体现在它所具有的重大的组织影响，对于社会、经济和环境的影响，公众关注的程度。影响力强的审计项目容易被选中作为效益审计项目。
(5)审计成本和可操作性。审计成本和可操作性主要是指对该项目或领域进行审计的复杂程度和可能存在的风险。审计成本和可操作性强的效益审计项目，容易被选中作为效益审计项目。
2.选择和确定效益审计项目的步骤
(1)确定可选择的效益审计项目;
(2)收集有关备选效益审计项目的相关信息;
(3)根据收集的相关信息，对于每个备选项目进行综合考虑，确定效益审计项目的优先次序。
二、审计准备阶段
就单个效益审计项目而言，审计准备阶段需要做的主要工作有：初步调查了解审计事项;确定审计目标和范围、重点;确定审计评价标准;设计审计方法体系;编制审计方案。
与财政财务审计不同的是，效益审计的准备阶段需要确定审计目标和审计标准。
确定效益审计的评价标准是效益审计的关键问题。通常可以作为效益审计评价标准的有：有关法律法规和方针政策;国家、行业或地区性的正式标准;专业机构研究或制定的专业标准;
公认的或良好的实践标准，如行业或地区平均水平和先进水平;其他国家的标准和经验;被审计单位自行制定的标准，如可行性报告、预算、目标、计划、定额、技术指标、产出能力等;有关利益相关人的评价标准等等。
利用外部专家的工作是效益审计中一种常用的收集恰当审计证据的方法。在利用外部专家工作时，审计人员应该对利用外部专家工作结果所形成的审计结论负责。为保证外部专家工作的质量，审计人员必须向外部专家阐明工作的目标，并对外部专家的工作质量进行评价。
三、审计实施阶段
审计实施阶段的主要工作是收集充分可靠的审计证据，并对收集的证据进行分析和归纳整理。
审计结果通常包括标准、事实和影响，在发现问题的情况下还包括原因要素。
四、审计报告与后续跟踪阶段
审计报告和后续跟踪阶段的主要工作内容与财政财务审计没有大的差别。
我国效益审计报告的内容一般应包括：所审项目的背景和工作目标;审计的总体目标和范围;分领域的具体审计目标;对数据来源和审计方法的说明;对评价标准的说明;重要的审计发现;对每一个具体目标的审计结论;发现的违法违规问题及处理处罚意见;审计建议和被审计单位的反馈意见等。