2017年济宁医学院本科招生计划数为3260人，其中在山东省内招生计划数为361人，专科招生计划数为300人。在专业设置上，2017年夏季高考招生专业有临床医学、精神医学、口腔医学等29个本科专业以及护理、医学检验技术、药学、市场营销4个专科专业。2017年新增了针灸推拿学本科(五年)专业，计划招收50名理科生。

作为山东省首批免费医学生招生试点院校，济宁医学院临床医学专业计划招收132名免费师范生，五年制本科，省属免费医学生分别面向济宁市、泰安市、枣庄市和菏泽市就业。具有山东高中阶段学校学籍的毕业生均可报名参加免费医学生招生。报考者需通过山东省2017年普通高等学校招生报名且夏季高考成绩不低于我省首次划定的本科普通批录取最低控制线。符合招录条件的高中阶段毕业生，可在本科提前批次志愿中填报“免费医学生”志愿，专业志愿由“专业+定向就业市”构成。自愿承诺签订并履行免费医学生协议，保证毕业后在定向就业乡镇卫生院工作不少于6年(不含住院医师规范化培训时间)。

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