一、内部会计控制的内涵
内部会计控制度是内部控制的重要内容，它是指单位为了保护资产的安全、完整，提高会计信息质量，确保有关法律法规和规章制度及单位经营管理方针政策的贯彻执行，避免或降低风险，提高经营管理效率，实现单位经营管理目标而制定和实施的一系列控制方法、措施和程序。
制定内部会计控制应当符合国家有关法律法规以及本单位的实际情况;应当约束单位内部涉及会计工作的所有人员，涉及会计工作的各项经济业务和相关岗位，明确业务处理过程中的基本控制点;应当保证单位内部涉及会计机构、岗位设置、职责权限的合理性，坚持不相容职务分离和回避制度，确保权责分明、相互制约、相互监督;应当随着社会发展、外部环境的变化、单位业务职能的调整和管理要求的提高而不断进行修订和完善，单位负责人对单位内部会计控制的建立健全及实施负责。
二、当前行政事业单位内控制度存在的主要问题
(一)对内部会计控制认识有偏差
内部控制制度制定不切合实际，执行起来难度大;单位领导不重视内控管理，有关人员不执行相关制度，导致执行效果差;有关部门在检查时只检查制度的制定情况，忽略了其执行情况和执行效果，导致内控制度的制定走过场，内部控制降格为“放在抽屉里，挂在墙上”的纸介质。由此造成部分行政事业单位固定资产增减不及时调整相关账目，库存现金严重超限额及超范围支付，随意核销债权债务，接受票据不合规章、财务公开不够明细等。
(二)岗位设置不合理，职责不清
相当一段时间，在行政事业单位里使用会计、出纳工作管理规定及现金管理规定，这些规定明确了财务人员的工作内容，但规定之间缺乏横向联系，并偏重于财务人员职责方面问题，不能称作内部控制制度。而且由于缺乏整体规划，不能有效实现人员之间的合作与相互牵制，从而使规定在有些时候流于形式，造成资金管理上的漏洞。
(三)缺乏实质性的内部审计监督
多数单位没有设审计部门或人员，由财务人员兼任，内部审计人员多数未经过专业培训，审计知识、技术能力参差不齐，很难发挥应有的作用。
三、建立和完善行政事业单位内控制度的措施
(一)根据成本效益原则，制定切实可行的内部控制制度
各单位在制定制度时充分考虑本单位实际，做到制度切实可行。要考虑控制投入成本和控制产出效益之比，只要对那些在业务处理过程中发挥作用大、影响范围广的关键控制点进行严格控制。对那些只在局部发挥作用、影响特定范围的一般控制点，其设立只要能起到监控作用即可，而不必花费大量的人力、物力进行控制。防止由于一般控制点设立过多、手续操作繁杂，造成单位经营管理活动不能正常、迅捷地运转。
(二)健全稽核制度
原始凭证是在经济业务发生时取得的，载明经济业务发生和完成情况的书面证明，是明确经济责任，进行会计核算的原始依据。在现实工作中，出在原始凭证上的问题不少。1、白条和其他非法凭证多;2、虚假发票多;3、原始凭证内容不全，手续不完备，甚至出现了无日期、无经济业务内容、无经办人的发票。
因此要健全行政事业单位内部稽核制度，各单位一是要设立稽核岗位和稽核人员，执行对各种凭证的稽核工作，凡需进入会计核算系统的原始凭证都须首先由稽核员审核，并加盖“合规凭证”或“不合规凭证”印章。对于单位规模小，会计业务量不大的稽核职能可以由会计机构负责人或会计主管人员履行。二是要明确责任，凡属经稽核员审核并加盖“合规凭证”的原始凭证，如被财政部门和其他政府监督部门查出为不合格、非法凭证而受到的经济处罚应由稽核人员负责。
(三)明确经费的审批权限，加强对预算编制、执行的控制为
保证各职能部门负责人在授权范围内行使职权和承担责任，财务人员对每一项经济业务的审批程序都要严格把关，对违规的审批要拒绝办理。部门预算是内部控制系统的重要组成部分，是实现事业单位经济正常运行和事业发展目标的根本保证。预算收支项目要尽可能细化，依据和标准要尽可能充分、可靠。财务部门要注重对各部门、各项目进行技术性审查，加强预算的约束力，并监督各部门预算的执行情况。
(四)明确会计岗位职责
行政事业单位虽然不采用权责发生制原则，不需进行成本核算，但多数单位收款项目多，支出分类项目细，政策性强，对各收、支项目需要准确地核算和反映。明确会计岗位职责，把好会计核算关。一是要重视人才，选用原则性强、素质较高的会计人员上岗。二是会计人员要坚持客观、公正的原则，客观、真实地反映各项经济业务的内容，做到不隐瞒、截留应上缴的各项收入，不乱挤乱列各项支出。三是要明确责任，凡是在财务检查中被查出隐瞒、截留收入或乱挤乱列支出，而这些行为又不是领导授意、指使和强令的，其所受到的处罚应由会计人员承担，或至少承担一部分。
(五)建立必要的检查评价机制
1、设置检查评价组织。行政事业单位应设立专门机构(如内部审计机构)或指定专门人员负责内部会计控制的检查评价工作。也可以聘请外部中介机构对本单位的内部会计控制进行评价，以确保内部会计控制制度的贯彻实施。
2、健全检查评价制度。主要包括：对内部会计控制制度的建设进行检查和评价;对内部会计控制的执行情况进行检查和评价，对相关业务的内部会计控制提出建议;对工作中的一些薄弱环节，进行重点检查和评价;提出定期、不定期、全面或专题检查评价的方法、程序以及结果的处理办法等等。
3、完善奖惩制度。要明确实施内部会计控制有关人员的工作职责，强化自我约束机制，增强内部会计控制人员的责任感和风险意识。
四、对行政事业单位内部会计控制的几点要求
(一)不相容职务相互分离控制按照不相容职务相分离要求，合理设计会计及相关工作岗位，明确职责权限，形成相互制约机制。
(二)授权批准控制对涉及会计及相关工作的授权批准的范围、权限、程序、责任等内容，单位内部的各级管理层必须在授权范围内明确职权和承担责任，经办人员也必须在授权范围内办理业务。
(三)会计系统控制依据《会计法》和国家统一的会计制度，制定适合本单位的会计制度。
(四)预算控制加强预算编制、执行、分析、考核等环节的控制，明确预算项目，建立预算标准，规范预算的编制、审定、下达和执行程序，及时分析和控制预算差异，采取改进措施，确保预算的执行。预算内资金实行责任人限额审批，限额以上资金实行集体审批。
(五)财产保全控制对财产采取定期盘点、财产记录、账实核对、财产保险等措施，确保各种财产的安全完整。
(六)风险控制树立风险意识，建立风险管理体系，通过风险预警、风险识别、风险评估、风险分析、风险报告等措施，对财务风险和经营风险进行全面防范和有效控制。