王石引领下的万科，在管理上重“制度”，但出发点和落脚点都是“对人的尊重”。这主要集中体现在战略、公司治理结构、人力资源和企业文化等方面。
1992 年，王石认识到了多元化经营并不能使企业长久地发展下去，于是下定决心走专业化的道路。在王石看来，专业化最终就是精细化。在推行区域化的同时，万科产品从专业化过渡到精细化，从单纯追求开发量和结算面积的粗放式经营，转到注重品质和利润贡献率的集约化、精细化经营。进而，推进产业化。在未来10 年，万科的战略目标是：有质量增长。
王石把公司治理结构视为企业基业长青的基石。
1988 年，万科成了第一批吃螃蟹的公司，进行股份制改造，基本建立了现代公司治理结构。20 世纪90 年代末，万科面临的发展瓶劲是“策略性大股东”的助力以及海外的融资渠道。所以，万科开始希望此时能在股权结构上进行较大的调整，吸引大财团成为万科的策略性大股东。2000 年8月，华润集团及其关联企业以15.08%的股权份额成为万科第一大股东。2000 年12月2日，万科发布公告，拟向华润定向增发4.5 亿股B股，以提高华润对万科的持股比例。此时，企业和大股东所追求的长期利益，与中小股东的短期利益无疑存在分歧。
两者未必不可调和，但在冲突发生时，必须作出平衡或取舍。2000 年12 月24日，万科董事会作出理性选择：放弃增发方案、取消临时股东大会，充分体现了万科“善待股东”的理念。在其后万科发行的可转债配售中，华润全额认购了其配售的比例，成功而负责任地引入了大股东，为企业下一步的大发展铺平了到道路。
不同于其他成功企业家呕心沥血地培养企业接班人的做法，王石“从来不培养接班人，(而是)给万科建立了一个制度，培养了一个团队，谁当一把手也差不到哪儿去。”同时，王石主张建立以职业经理人为主体的人力资源管理体系，并认为职业经理人要以管理为生、精于管理。说到万科对用人的态度，王石不把信任寄托在某个人的品德上，而是假定人会犯错误。靠制度来约束人，来减少错误。
20余年来，王石始终坚持对人永远尊重、追求公平回报和开放透明的体制，形成了万科独特的企业文化。如果对外界介绍万科的文化氛围，首先的一点就是对人的尊重。对人的尊重就是要有选择权、机会均等。也正是这种对人的尊重，万科内部形成开放平等的企业环境。一个公司的价值观，不仅体现在公司内部，也包括它如何看待自己与社会的关系，万科选择
规范化的道路，以公平的心态对待股东、客户、员工和伙伴。