1、现行统计指标体系比较复杂。现有各类专业统计报表表种繁多，重在第一产业和二产业，许多指标还在延续MPS体系时代的统计指标，相互重复、陈旧、滞后于经济社会发展，而对国民经济核算需要的指标如文化、卫生、旅游、科技等第三产业的有关资料统计又相当薄弱，重大国计民生、经济社会发展重点等方面的情况又缺乏有效的监测，难以有效满足政府宏观管理的需要，影响了统计数据质量和统计服务质量。统计指标和会计指标之间的独立性和联系性在一定程度上也制约了统计指标的准确性。目前，统计报表是按照国家统计部门及上级管理部门对各种数据的需求而设置的，其统计内容、统计指标体系在设置时并没有充分考虑到企业本身和基层的实际情况，特别是财务报表。以服务业财务报表来说，报表上的指标与企业会计报表上科目的口径不完全一致，而大多数企业的统计人员多为财务会计人员，在指标理解上往往以会计指标填报统计报表，从而易于造成统计数据偏差。
2、统计法制还不够完善。统计部门一直是以收集收取数据为主，在确保统计源头数据准确性方面，对违反法定义务应承担的责任规定过少，内容不具体，缺乏有效的监督机制，对统计调查对象负担的调查任务等方面应建立和完善有效的机制，对调查单位的激励或制约的作用还有待增强，从而在一定程度上影响源头数据质量。
3、统计调查方法相对滞后。随着市场经济的快速发展，统计的调查对象发生了重大变化，多种经济类型、多种经营方式并存，点多面广，传统的层层上报、全面统计的方式已经很难适应经济社会发展的需要。加之调查对象的统计法律意识较低，统计基础资料的不健全，如规模以下工业企业、限额以下批发零售贸易企业、私营、个体经济等，按抽样调查理论确定的调查样本，其随机性、代表性难以保证，影响了调查样本数据的准确性，扩大了抽样误差。
4、统计信息自动化水平不高。目前，统计部门的各种专业统计报表虽然都采用计算机加工整理上报，但现有的统计处理软件标准不统一，有Visual Foxpao、Epras、Sarp、Haps等、年专业报表程序的不断更新，不断下发的补丁程序等，使统计人员整天陷于程序的录入、调试、录入中，重复劳动增强，在一定程度上有可能产生统计误差。
5、统计数据评审制度还不够健全。目前，统计数据评审制度已在统计部门广泛使用，也引起了各级党政和社会各界的广泛关注，对现行的统计数据评审制度还应在增强科学性、透明度、可操作性等方面去努力增强统计的权威性。