构建政府绩效评价体系涉及到的核心技术问题是政府绩效评价指标。政府绩效评价指标可分为合规性和效益性两个层次。之所以把合规性放在第一个层次，原因是政府行为的合规是法治社会中取得效益的前提条件。

　　合规性评价层次上的指标可分为三类：一是合法性指标；二是合乎工作流程类指标；三是合乎政策类指标。

　　效益性评价层次上的指标可分为三类：一是合乎政府目标的指标，包括总体目标和部门目标；二是综合社会效益类指标；三是工作绩效类指标。

　　从上述方法论出发，对政府各部门绩效进行评价时，又可把政府部门分为三大类进行：一是综合部门，比如国家发展改革委、外交部、财政部、人民银行总行等；二是社会单项事务管理部门，比如民政部、劳动和社会保障部、公安部、教育部、计生委等；三是经济管理部门，比如铁道部、国家质检总局、国家税务局、国土资源部、水利部、农业部等，针对这三大类政府部门分类制定绩效评价指标体系时要结合各部门职能拆分政府目标指标，也就是要确定反映政府目标的具体指标，这是首先必须解决好的一个难点问题。

　　确定反映政府绩效的综合社会效益指标应主要考虑三方面因素：一是政府活动的阶段性社会矛盾调解功效；二是政府活动的长远效应；三是政府部门行政活动的互补性效应。比如对政府教育部门的绩效评价，确定综合社会效益指标体系时，就要通过设置一些指标，来反映政府教育方面的行政行为对富人和穷人子弟公共产品享用上的平等程度和所带来的即期不同收入阶层之间矛盾的调解作用。

　　确定工作绩效类指标时应主要考虑四类因素：一是部门职能特征；二是部门职能范围；三是部门一般行政活动和所实施项目的技术决定因素；四是部门工作流程的设定。