二、自主创新财税政策存在的问题 
（一）财政支出政策方面 
1.财政科技投入总体不足，投入结构不合理 
近几年，我国的财政科技投入量增长比较快，但国家财政科技拨款占当年财政支出的比重在4%左右徘徊，尤其是基础研究在整个研究开发中的比重一直徘徊在5-6%的水平，而大多数国家的这一比重在 20%左右。由于基础研究耗资大、耗时长、见效慢，企业和个人难以或者不愿在这方面过多投入，但基础研究应该是财政科技投入的主要方向，我国现有财政资金用于支持公益性和战略性的基础研究和公共技术研发偏少，不利于国家长期科技竞争力的提高。 
2.科技投入方式过于单一 
虽然目前我国在科技资金投入方式上进行了一定的探索和尝试，但大部分资金投入仍以无偿投入为主。随着经济的不断发展，采用无偿补助的单一投入模式已不能满足自主创新投入需求，科技投入方式迫切需要改革和完善，从而发挥财政科技支出四两拨千斤的作用。 
3.财政科技投入的管理不足，效果不明显 
一是管理缺位。我国的科技项目、经费分别在不同部门分头管理，缺少必要的信息沟通、协调，这样很容易导致部门间的科技开发计划难免有重复，从而导致科技资源重复配置，在一定程度上造成财政资金的浪费。二是科技成果转化率低。根据科技部和统计局公布的资料，我国每年省部级以上的科技成果和专利申请中能迅速转化为现实生产力的在 10%左右，远远低于发达国家60%-80%的水平。 
（二）税收政策方面 
1.支持鼓励企业创新的优惠政策存在薄弱环节 
我国现行的科技税收优惠政策主要作用在支持企业创新的生产投入和成果转化应用方面，税收政策主要偏重于对已经形成科技实力的高新技术企业以及已经享有科研成果的技术性收入给予优惠，而对企业创新最需要支持、也是处境最为艰难的研发过程则缺乏有力的税收支持。大部分高科技企业在创业初期基本上都没有利润、享受不到企业所得税减免优惠，几年后科技创新成果的产业化实现了经济效益、有了利润时，又大都过了税收优惠期，结果造成一些企业实际上根本没有享受到税收优惠。 
2.总体税制结构存在制约创新企业发展的因素 
税收政策优惠主要体现在所得税上面，而目前实行的是以流转税和所得税为主体的双主体税制结构模式，从收入占整个税收收入的比重看，流转税还居于绝对优势地位。由于流转税的设计没有充分考虑自主创新产业的一些特点，因而存在一些消极因素，一定程度上抵消了所得税优惠对自主创新产业发展的促进作用，使整个自主创新产业税收倾斜政策难以最大限度发挥效率。尤其是增值税，其缺陷表现得更加明显。增值税对自主创新产业发展的阻碍，主要表现在以下方面： 
（1）现行增值税加重了创新企业的总体税收负担。从理论上分析，现行增值税至少在以下两个方面会加重企业负担：一是增值税实行凭发票抵扣制度，在目前增值税没有普遍实行的情况下，企业在很多时候难以取得有效发票进行抵扣；三是无形资产开发过程中的智力投入不能享受抵扣，而这些投入往往占创新技术产品成本的绝大部分。