4.矿产资源税费体制构建不规范。首先，探矿权、采矿权使用费和价款与矿产资源补偿费的征收目的存在交集。《矿产资源补偿费征收管理规定》第11条规定：矿产资源补偿费……主要用于矿产资源勘察。而《中央所得探矿权采矿权使用费和价款使用管理暂行办法》第5条则规定：两权使用费和价款收入专项用于矿产资源勘查、保护和管理性支出。很明显，探矿权、采矿权使用费和价款与矿产资源补偿费存在重复征收。其次，一些非出于环境目的的扭曲税费致使一些企业税费负担过重。我国实行的是“生产型”增值税，自l994年我国将产品税改成增值税以来，矿山企业的税费负担明显加重。首先，矿业资本有机构成高，设备购置费用数额大，固定资产不能作为进项税抵扣；其次，矿业主要依赖生产要素的增加，而矿产品属于初级产品，为直接生产矿产品而购进及消耗的原材料及半成品很少或没有，只有少量的进项税额可以抵扣，因而矿业产值的绝大部分都要作为增值部分而缴纳增值税，致使矿业的税赋比一般的工业企业要高出许多。而且在所得税方面，我国的矿产资源储量未作为资产处理，导致所得税税基高。
    三、我国矿产资源税费制度的生态化改革
     对矿产资源税费制度进行生态化改革，目的在于将矿产资源开采中产生的各种生态外部性影响内部化，在矿产资源税费制度的改革和完善方面，充分考虑矿产资源的价值和矿产资源开发对生态环境的影响，保护生态平衡，促使企业合理开发利用矿产资源。实现矿产资源税费制度生态化的途径主要有：一是对我国现行的矿产资源税（费）种做出符合生态保护要求的相关规定；二是创制新的矿产资源生态税种；三是降低非出于生态保护目的的扭曲税种的负担，以保持税收的中立性。具体体现为：
    1.重构矿产资源税费体制，整合税费种类。完善我国的资源税制度。虽然有学者建议取消“资源税”，认为现有的资源税,征收标准、归属和用途都不能正确体现国家矿产资源资产所有权的收益，不能正确体现国家作为行政权利和财产权利主体与矿业权主体之间的经济关系,也不符合国际惯例[4]。但笔者认为，我国目前还不具备取消资源税的条件，如取消资源税变动过大，不符合我国经济发展需要一个稳定的财税政策的背景条件。应该在保留资源税的基础上，对资源税制度进行完善。一方面将现行资源税按应税资源产品销售量计税改为按实际产量计税，提高征税额，对重要的、稀缺性矿产资源的开发以及对处于重要生态功能保护区和生态功能脆弱地区矿产资源的开发适度地课以重税。另一方面扩大资源税的征收范围，并增加其生态价值补偿的功能，以补偿矿产资源开发必须投入的生态环境成本。
    取消探矿权和采矿权价款，直接纳入具有绝对地租性质的矿产资源补偿费中，以避免体制上重复征收的尴尬。改矿产资源补偿费计算方式中的从价征收为从量计征，并提高矿产资源补偿费率。同时，进一步明确矿产资源补偿费的用途，确保其中一部分用于矿产资源保护和管理支出。
    将“生产型”增值税改为“消费型”增值税。“有选择”地分步转型，即允许增值税一般纳税人用于生产经营的全部机器、设备增量一次性全额抵扣进项税，同时对存量中的机器、设备所含的增值税进项在三年内分期抵扣的方案既能基本体现增值税的优点，又能得到一般纳税人的普遍欢迎和支持[5]。
    而且允许矿业企业采取加速折旧、初期折旧、提值折旧等方法作为降低所得税税基的重要手段。这一点，国外一些国家的做法值得我们借鉴，如：阿根廷第一年允许有60%的折旧率，剩下两年每年20%；
    而巴西，加速折旧与核准的采矿项目的数量变化有关。在避免双重征税方面，走国际合作道路，实行联合纳税，减少总体纳税额，减轻和企业所得税负担。
    2.制定科学合理的矿产资源税费率，发挥税费率的激励效用。在区分品种的基础上，根据资源的稀缺程度和资源的市场需求，结合一定的市场经济条件适度提高一些偏低矿产资源的税费率。实行浮动税率和累进税率相结合的税率，充分发挥税费率对生态保护的激励作用：当矿山企业的活动亲于生态环境时，降低税费率；当矿山企业的活动逆于生态环境时，提高税率。对回采次数等于或高于核定回采率的矿山企业实施税收优惠。例如，在埃塞俄比亚和巴布亚新几内亚，矿山企业回采或是重新开发其他矿可以享受净利润大约5%的税收优惠，在24江西理工大学学报2010年8月秘鲁，回采没有任何限制还有税收减免。