1.缺乏针对农民专业合作社征收管理办法。虽然出台了关于农民专业合作社的税收优惠政策，但在税收征管的程序针对其特殊情况的相关规定的修正严重滞后，至今没有具体详细的规定出台和成型的管理经验，这使得税收管理无章可循。例如，在营业执照中工商部门对农民专业合作社的单位性质、注册类型等没有进行明确，税收机关也没有相关的具体规定，在税务登记无法准确划分单位性质、注册类型、所属行业等;又如，农民专业合作社开展免税业务，免税相关资料需要不需要审批或备案、如何审批或备案也没有规定可循;再如，农民专业合作社既有购销又有加工，是提供商业销售发票还是提供工业销售发票也没有予以界定。强烈期待总局和省局出台操作性强的农民专业合作社征收管理办法或交流各地好的农民专业合作社征收管理经验。 税务机关对农民专业合作社的监管需高度重视。现阶段，“组织收入为中心”仍是县(区)局以下税务机关首要任务，但现实中由于过度地强调了税收收入观后，组织收入多就成了“一俊遮百丑”的头等大事。由此，纳税大户就成为了各方面关注的焦点，而农民专业合作社之类纳税人因为涉及免税管理，往往成了不被人在意的对象。另外，面对农民专业合作社数量的不断增加，原有的征管力量凸显薄弱，特别是农村税务所(分局)，由于人手少、管户多、任务重，容易造成税收管理盲区。农民专业合作社相对来说生产经营不很规范，有没有明确的征税管理规定，这使得一线税收管理员实际对农民专业合作社的日常监管也大多限于催报催缴，而信息采集、纳税评估、日常监管等一些监控手段往往不能真正的开展实施。 对农民专业合作社的管理需有效的征管长效机制。面对农民专业合作社这个新形势下农业产业化进程中的新生事物，第一，税务人员普遍存在对农民专业合作社的税收优惠政策研究、理解不够，政策执行能力不足。第二，难以全面、准确把握农民专业合作社的经营规模。第三，农民专业合作社的社员数量很难固定，根据《农民专业合作社法》农民可以以资金土地农具等生产资料，只要本人申请，成员代表大会通过，就能成为本社社员。第四，社员的真实经营土地难以掌握，从几亩到几百亩不等，即使从村民委员会开证明也很容易办到。第五，农民专业合作社经营的产品产量很难控制，像水产品、蔬菜、牛奶等农产品产量。 二、规范农民专业合作社涉税管理的几点建议

1.做好政策宣传和纳税辅导工作。要有计划的对一线农村税务管理员开展业务培训，帮助他们熟悉和掌握关于农民专业合作社的法律法规和税收政策，只有一线农村税务管理员真正吃透相关法规政策，才能做好农民专业合作社的征收管理工作。同时，各级税务机关，尤其是农村税务所(分局)要加强政策宣传和纳税辅导，将关于专业合作社的法律法规和税收政策采取各种方式，帮助其吃透政策、用好用对税收优惠。此外，各县(区)局和农村税务所(分局)应积极开展政策辅导和办税辅导，帮助提高会计核算水平和自主办税能力，引导农民专业合作社提高依法纳税意识，严格遵照税收政策规定处理涉税事宜，辅导农民专业合作社按照国务院财政部门制定的财务会计制度设置会计账簿，自主健全会计核算，按照法律规定设置成员交易管理台账，以合法有效的凭证如实核算，区别不同的交易方式进行分别核算，分别核算内部交易和对外销售，自产产品和成员产品、非成员产品分别核算，应税收入和免税收入分别核算，做到会计核算规范、完整、合法、准确。 认定免税资格，保证涉税信息准确。应定期从工商部门取得开业的农民专业合作社信息，进行调查核实，对超期未办理税务登记的，应及时与企业沟通，责令其补办税务登记，纳入正常税收管理。对农民专业合作社提出免税资格申请的，应坚持实地调查与资料备案同步，符合免税条件的收入审批免税，不符合条件的，按规定及时征收税款。 修改完善税收征管系统相关模块。对农民专业合作社涉税信息采集中关键是对农民专业合作社的行业分类和税种核定进行明确，结合综合征管软件系统和增值税免税农产品规定的要求，将其列入“批发业”中的“农畜产品批发”或“食品、饮料及烟草制品批发”等类别比较合适，如果以加工为主的，也可以列入“制造业”中的“农副食品加工业”的有关类别;对综合征管软件系统的相关模块进行必要的调整，完善税务登记表格和内容、农民专业合作社免税资格认定项目等，增加免税项目类型和免税项目原因等文书审批选项。