比照上述有利于构建和谐社会的税制设计要求，现行税制凸显出以下不足。

1.税种设计不够完善

税制的设计不科学，税收职能的发挥与社会管理的需要不尽和谐。一是征税依据没有体现市场价值。比如，不动产计税没有考虑市场价值实行动态征收，现行不动产税制仍然是依据历史成本为征税对象。二是征收范围仍然偏窄。我国现行的资源税并不是专门的环境保护税种，只是针对使用煤、石油、天然气、矿产品和盐等自然资源所获得的收益征收。对一些重要的非矿产资源，如淡水资源、森林资源等没有纳入征税范围，使得这些资源的使用成本偏低，变相刺激了这些非矿产资源的掠夺性开采和使用，加剧了生态环境的恶化。

另外，生态税收基本处于缺位状态，制约了循环经济的发展和生态环境的保护。三是主体税种功能弱化。1994年分税制改革，名义上形成了流转税和所得税双主体的框架，但事实上，由于我国经济水平较低，所得税没有成为主体税种，而仅发挥辅助税种的作用，从而使我国税制体系从中央到地方都是以流转税即间接税为主体的单一主体税制结构。个人所得税采用分项计征模式，税率和费用扣除方法不尽合理，加之征收管理薄弱，难以充分发挥对个人收入的调节作用，远未成为我国主体税种，因而在调节城乡居民收入差距方面的作用有限。四是企业所得税按隶属关系划分中央与地方的收入制度，严重制约了企业跨地区的重组、联营、兼并，不利于企业之间打破地域竞争。五是增值税与营业税并存，影响了增值税抵扣链条的完整性，也加大了这两个税种的征管难度;生产型增值税不仅无法彻底消除重复征税的弊端，而且抑制科技进步;消费税的征收范围偏小，调节力度不足。

2.间接税与直接税的比例不合理

“十五”以来，随着经济的发展和经济结构的变化，直接税的比重有所上升，间接税的比重有所下降。比如，内外资企业所得税和个人所得税占税收收入的比重，从2001年的19.2%提高到2005年的24.6%，国内增值税、消费税和营业税等流转税占税收收人的比重，从2001年的58.6%下降到2005年的53.7%，但间接税比例高、直接税比重低的格局并未发生本质变化。由于现行税制中流转税占税收收入比重过大，造成原先确定的流转税与所得税“双主体”的税制模式名不符实，不利于充分发挥直接税的宏观调控作用。同时，在具体税种的设置方面也有不少问题：有些税种重复设置，有些税种性质相近、征收有交叉;有些税种已经或者将要逐步失去存在的意义，该废止的没有废止，该合并的没有合并;有些国际上通行、中国也应当开征的税种没有开征。

3.税收负担的公平性亟待加强

从税收负担的公平性看，由于我国长期对内、外资企业分别实行两套不同的所得税、财产税和行为税制度，区域性税收优惠政策过多过滥，对不同地区的企业实行不同的税收优惠;对城乡实行两套税制，个别税种存在着对外国产品的非国民待遇，税率、税收优惠和费用扣除标准不同，结果使不同地区不同所有制企业的税收负担存在较大差异，不利于企业之间开展公平竞争。现行税制未能充分体现公平竞争和国民待遇原则，即一方面存在着严重的税收歧视，另一方面存在着“超国民待遇”，主要表现在：一是税收负担不平等。我国现行的增值税分为一般纳税人和小规模纳税人，实际税收水平不同，小规模纳税人往往要负担更多的税收;二是不同经济成分税负差异过大。国有经济、集体经济、股份制经济及其他经济成分分别实行不同的税收政策;三是不同区域的企业税负水平不一。我国是将优惠政策置于沿海发达地区，而中西部地区税收高于东部经济特区;四是内外资企业税负不一。外资企业所得税负担税率差不多8%，而内资企业的综合负担税率在33%以上。另外，由于直接税特别是累进的个人所得税、社会保障税以及遗产税和赠与税具有较强的收入再分配功能，直接税收入比重过低，尤其是来自所得税类的比重过低，必然会影响税制公平收入分配功能的正常发挥，影响我国社会经济全面、协调、可持续发展的进程。

4.税收调控力度欠缺

税收调节收入分配的力度不够，税收职能的发挥与社会公平正义的诉求不尽和谐。现行税收体制在公平税负，引导投资向落后地区转移，刺激贫困落后地区的消费和出口，将资源优势转化为经济优势和财力优势等方面还显得比较乏力。中国现行税制是以间接税为主体，间接税最大的缺点是逆向调节作用，收入越低，承担的税收负担相对越重。随着经济的发展，市场竞争的加剧，城乡居民收入不断增长，差距不断扩大，就更需要发挥税收的宏观调控职能，我国目前调节个人收入的税种只有个人所得税，而个人所得税收收入规模小，征管水平低，其占国家税收收人的比重很低，还没有成为我国地方税的主体税种，因而在调节居民收入差距方面作用有限。

5.地方税收体系不完善