第二、违反禁止使用改变环境的作战手段和方法和禁止使用极度残酷和过分伤害的武器的规则：
极度残酷和过分伤害的武器包括核武器、生物武器和化学武器。1899年海牙《陆战法规和惯例章程》规定特别禁止使用毒物或有毒武器。同年《海牙第二宣言》宣布禁止使用窒息性瓦斯或毒气弹之投射物。1907年海牙第四公约附件也做了禁止使用毒物或有毒武器的规定。1925年《禁用窒息性、毒性或其他气体和细菌作战方法的议定书》（日内瓦议定书）不仅重申了上述条约的规定，而且明文规定“禁止使用细菌作战方法”。正如前文所述，侵华日军的细菌研究“成果”广泛用于战争中，曾在我国２０个省内进行过细菌战。他们在进攻、退却、扫荡、屠杀难民、消灭游击队、摧毁航空基地等等方面，无不使用细菌战，在我国形成了疫病大流行，导致不少中国军民惨死，显然违反了该规则的规定。
禁止使用改变环境的作战方法和手段是战争法规的一项新规则。它是根据保护人类环境这一基本原则确立的。根据1977年《禁止为军事或任何其他敌对目的使用改变环境的技术的公约》，改变环境的技术是指，通过蓄意操纵自然过程，改变地球或外层空间的动态组成或结构的技术。改变环境的作战方法是指在作战中运用上述技术，以改变气候、引起地震或海啸，破坏生态平衡，破坏臭氧层。1977年的第一附加议定书禁止使用旨在或可能对自然环境引起广泛、长期而严重损害从而妨害居民的健康和生存的作战方法和手段。生化武器的投放，在整个中国领土范围内造成了极大的环境污染。毒剂使得土壤受到污染，染毒土壤中含有毒剂及其降解物质，会严重影响土壤的生态平衡，进而影响动植物生长。大气和水源的污染也造成了严重的后果。今年8月4日在我国齐齐哈尔市发生的“芥子气”事件便是日军使用生化武器的后果。尽管日军发动侵华战争时77年公约尚未订立，但根据马尔顿斯条款（Martens Clause）（见下文），日军仍应承担责任。