除了《宪法》有关规定、《全国人大组织法》、《国务院组织法》、《人民法院组织法》、《人民检察院组织法》和《地方组织法》外，缺乏有关国家机构具体设置的其他法律。

2.中央与地方政府派出机关或部门派出机构的方面

缺乏中央与地方政府派出机关或部门派出机构的法律;已经实施五十多年的《城市街道办事处组织条例》、《公安派出所组织条例》也已经废止。

3.中央与地方及地方各级国家机构关系的方面

一是宪法或法律缺乏明确规定。1982年宪法规定了中央与地方的国家机构、中央与地方国家机构职权划分的总原则，但缺乏有关中央与地方国家机构职权划分的法律规范，使有关中央与地方国家机构的职权的划分和调整缺乏严格的依据。

二是上下隶属关系缺乏法律调整。根据《地方组织法》第六十六条的规定，“省、自治区、直辖市的人民政府的各工作部门受人民政府统一领导，并且依照法律或者行政法规的规定受国务院主管部门的业务指导或者领导。自治州、县、自治县、市、市辖区的人民政府的各工作部门受人民政府统一领导，并且依照法律或者行政法规的规定受上级人民政府主管部门业务指导或者领导”。但目前还没有相应的法律或行政法规。

(二)立法不够完善

1.有的内容过于原则、粗疏

例如，现行的《国务院组织法》共十一条，其中涉及国务院职权的规定仅有一条，而且这一条只规定了“国务院行使宪法第八十九条规定的职权”。而且，国务院机构的法定分类也与国务院机构的实际设置不完全相符。《全国人大组织法》的有些规定也需要修改。

2.有些内容已经过时

如《地方组织法》第六十八条关于人民政府可以设立若干派出机关的规定，已与实际情况相去甚远，特别是随着改革开放的不断深化，绝大多数地方已撤销了行政公署和区公所这一级的机关设置。现行的《地方组织法》中仍然保留着这一机关设置的规定，明显与行政区划变更和农村的实际不相符。

3.有的规定不科学

如1979年《人民法院组织法》和《人民检察院组织法》，主要是在1954年制定的法院、检察院组织法的基础上修改的，[7]尽管1983年对两个法进行部分修改，2006年又对《人民法院组织法》作了修改(这次修改的针对性很强，就是将死刑核准权收归最高人民法院统一行使，实际上是恢复为1979年时的状态)，但是，现行《人民法院组织法》、《人民检察院组织法》关于法院、检察院的任务的规定，关于法院、检察院体制和工作机制的规定，关于法院、检察院内部机构设置的规定，关于地方法院、检察院以及专门法院、检察院的规定等，仍不适应需要。

4.有的与上位法不一致，甚至背离组织法定原则

如《国务院组织法》实施了二十八年，有些规定需要完善。7例如，按《国务院工作规则》的规定，“副总理、国务委员按分工负责处理分管工作，受总理委托，负责其他方面的工作或者专项任务”，这与《国务院组织法》中“国务委员受总理委托，负责某些方面的工作或者专项任务”的表述不一致。

5.国家机构立法尚不能完全适应建立市场经济体制、依法治国的需要和机构改革的要求

例如，《地方组织法》笼统地规定了“县级以上地方各级人民政府”和“乡、民族乡、镇人民政府”行使的职权，“上下一般粗”，没有反映不同层级政府职能配置科学化的发展趋势;有些规定涉及政府的管理职能较多，对建设服务型政府的要求体现不够;法官、检察官制度和管理体制的改革成果没有通过立法加以体现。

(三)立法层次较低，缺乏应有的规范性和法律效力

国家机构组织法本属于宪法相关法，层次应当比较高，但目前总的来看，国家机构组织立法的层次较低。如对国务院各部门的主要职责、内设机构和人员编制，主要由国务院各部门的主要职责、内设机构和人员编制规定(“三定规定”)规范。“三定规定”基本上适用于一届政府任期内，其相对稳定性、法律强制性性尚待确定。

对政府部门的主要职责、隶属关系和体制等内容，经常采用规范性文件的形式，缺乏有效的监督条款。

另外，目前对党和国家机构间的职能和相互关系，缺乏法律上的明确规定，权力运作机制在执行中有时失之规范。可以说，在一定程度上和范围内，在国家机构组织、职能、人员编制方面，政策和行政手段还代替着法律的功能。

三、国家机构组织法的健全和完善