对于新历史科以史料证据为基础的教学理念，反对者主要的批评是：将成人的历史研究工作与学童去处理史料「进行探究」并举而谈，根本是一种噱头而已；因为研究历史是需要具备人情世故的经验、研究技能、及足够的知识才能进行的工作，以学童的程度而言，他们不可能进行「历史研究」。也有历史学家宣称，一般学校历史课中所谓「史料探究」的练习，90%只是虚有其表的冒牌货。极力反对新历史科理念的铎夏(Steward Deuchar)即针对此点强调：「许多老练的历史学家都被『新历史科』的现象所惊吓，我从未听到有哪一个历史学家对它有好的评语」。?事实上，此类批评牵涉到新历史科理念对于在课堂中运用史料的实质意义之更深入的分辨。
　　历史教育学者承认，「历史方法训练」听起来的确是超越了一般学校历史课堂所应负荷的工作，然而他们亦指出，这些「历史方法」事实上存有其最基本的一些层面，有其相对上较为简单的技能层次可以用来解决相对上比较简单的问题。学生虽然无法马上抓住全部的证据概念，但是可以一步一步地做到。面对一般的学生，新历史科所主张的是他们「可以去『学习』做历史学家所做的事」，而这绝对不同于「就是」去做历史学家所做的事。在一般学校中的历史教学使学生学习去做历史学家所做的事，直接去运用各种一手和二手的史料，是可以用有限制的意义来谈，并不去涉及将学生培养成历史学家的层次，而只是使学生借着某些运用史料的特定练习，学到历史学家的一些态度和方法。历史教育学者沈模特即特别指出：历史程序性的概念和技能事实上是具层次性的；从负面去定义历史学习活动而以为任何不合于历史学家之活动者也就不该是历史学习的内容，这样的观点是「忽略了这个科目的发展性结构」。学生所从事的工作并非全等于历史学家的工作；对于历史学习而言，某些与专业历史学家的做法相冲突的层面，也许正是不可或缺的。例如，适用于历史教学中的史料是有限的，势必要由教师进行事先的选择，甚而往往需要加以编辑和重制，教师也常常会「建议」一些问题，有时甚至需要提供一些特定的答案，而这些却是专业历史研究中所应避开的。因为学生是在「学习」，他们的运用史料证据的活动必然需处于教师的督导之下。历史教育并不是直接套用历史学家的工作于学生身上，而是以历史知识特质为基础，一种经过设计的、具有教育意义的学习活动。
　　这种对于「处理史料」等历史方法的学习在历史教学中的定位方式，是合于普通教育的本质与目的的。每一个学生在踏出校门前，都应该有机会接触各种人类用来运思的方式，这原是教育「扩展智识」的本质。正如虽然绝大多数的学生不会成为科学家，但没有人会因而认为不该在学校的科学课中教导每一个学生「科学方法」，或是鼓励每一个学生自己去做实验一般，学生也应该「学习」历史的方法。事实上，对于学生而言，去追踪寻找资料并且对它们进行整理，对各种不同种类的证据进行比较与诠释，并不比学习「使用科学的语言」来得困难。他们之能够做这些「历史练习」，与他们不必是科学家却还是可以在实验室中做某些科学实验是同样的道理。真正的问题并不在于学生「没有能力」学习，而在于如何配合学生的能力使他们学习。
　　然而新历史科关于史料教学的理念亦并非没有其内在的问题。最引人疑虑的一点是，新历史科倡导者的早期谈法常会给人「盲目崇拜一手史料」的印象，并且偏重于史料处理的「技能」（skills）层次， 忽略了理解史料还是与对「产生史料的环境」（特定历史知识）的认识之间有密切关连。这对于「历史」的教与学会有所妨碍。1989年的一项研究调查显示，即使是支持新历史科理念的教师，还是会对于目前似乎过于着重处理史料之「技能」的状况觉得担心，忧虑会因此而对历史教育中其它有价值的部份产生排挤的效应。由于近年来对于「历史技能」的强烈宣扬，明显的，许多教师已对程序与内容之间的重要平衡产生了不确定感。一位采用SHP考试大纲的教师即说道：
　　「像那样过于强调事事都是『以技能为基础』或『以证据为基础』带来了危险。它忽视了『历史内容本身也能提供某些贡献』的这个事实。」