二、对会计集中核算的缺点分析
　　（一）核算单位的财务管理和内部监督弱化
　　目前实行会计集中核算的一个显著问题就是财务管理与会计核算出现脱节，也就是说，原单位依然保留财务管理职能，但是会计核算工作则交由会计核算中心去进行。这样做导致的直接后果就是严重影响了财务工作的有效性，导致了单位财务管理工作的进一步弱化。与此同时，由于核算单位内部的会计与出纳牵制机制消失，报账员实际上履行了会计出纳双重职责，影响了单位经济业务活动健康有序进行。
　　（二）会计责任主体不明确，增加了审计部门审计监督难题
　　在会计集中核算实施中，会计业务决策者与执行者分离，财务审批与会计监督的分离一定程度上改变了单位的核算权和会计监督权，从而相应地改变了会计责任主体资格。核算中心作为审计部门与被审计单位的中间人，在会计监督工作中不可避免的会出现盲点，在会计责任问题上出现真空地带。如果出现会计财务处理差错、单位会计信息失真、违法经济事项等问题，被核算单位认为本单位没有账户及会计人员，不再承担会计责任，因此在追究会计责任时很难界定双方的责任大小，形成单位与中心相互推诿责任的现象，使得资料提供、具体询问、责任认定难度加大。
　　（三）会计监督职能没有得到充分发挥
　　实行会计集中核算后，一名会计人员往往要兼任多个单位财务，甚至有的单位报账员将手工记账凭证做好以后，会计人员只承担审核后录入电脑记账的工作，核算中心成了记账机器，对各报账单位的业务事项知道甚少或根本不知道。会计人员对单位报来的发票只要手续齐全就予以入账，无法判断经济事项的真实性、合法性，会计的预测、分析、监督职能无法发挥。

（四）会计信息的真实性难以监控
　　作为最基本的会计资料，原始凭证不进能够反映经济业务的真实性，而且还能判断会计信息的真实性，所以针对原始凭证的审核和监督是非常重要的举措。但是实行会计集中核算以后，核算中心的工作人员由于初始未能参与单位的具体业务，所以就只能根据手续是否齐全、票据是否有效来判断单位报账是否可以报销，至于其反映的经济内容是否真实，就无从判断了。
　　（五）会计核算与财产物资管理相脱节
　　会计核算进入中心以后，单位固定资产管理工作无人重视，许多单位管理不到位，造成固定资产入帐不及时，特别是固定资产台帐与卡片经常不入帐，造成帐面长期挂帐，帐实不符。从而造成资产流失。例如：单位固定资产的帐是会计核算中心记账，实物管理是由单位管理，会计核算中心入帐只按发票简单记账，不同的设备不记设备的详细名称，所有的设备都只写专用设备，当单位入固定资产卡片时，拿政府采购合同都对不上，造成了很大的麻烦。