袁世凯为维护中央对西藏的主权，于1912年5月任命在藏的原清军统领钟颖为西藏办事长官，例行前清驻藏大臣的职权。但因驻藏清军哗变起事，钟颖被迫离藏，袁又任命杨芬等为宣慰使，赴印劝慰达赖喇嘛。为打击藏内分裂势力，袁于6月命令川军、滇军开始西征康区，国务会议也于6月 22日决定仍尊达赖为全藏教主，但中央将特设军务司驻康定，设民政总督驻拉萨。藏事一旦平定，将前后藏划设为省。到了9月，川军节节胜利，在嘉峪桥大败藏军，计划进军拉萨。英国看到达赖喇嘛对西藏是否 独立犹豫不决，遂于8月 17日向中国外交部提出一个公然干涉中国内政、企图重订西藏问题条约的“五项条件”。十三世达赖也致书及派人与蔡锷、尹昌衡接洽，恳求停火谈判。袁世凯在征求了孙中山的意见后，令准备入藏的尹昌衡部停止西进，并于12月23日由外交部正式驳斥了英国的五条建议。与此同时，民国政府于 7月19日在国务院设立蒙藏事务局，取代清朝理藩院主管蒙藏事务。该局后于1914年5月升格为蒙藏院，直隶于大总统，以加强中央对蒙藏地区的管辖。

杨芬等抵达印度时，达赖已于1912年6月返回西藏。由于英印政府的阻挠，杨芬只得从印度致函达赖，阐述中央优待西藏的政策。分裂主义者口口声声称此时西藏已“独立”，与中华民国无任何关系，显然是故意歪曲历史。就在七、八月间，达赖还复函中央使节杨芬，并致信于蒙藏事务局，仍以被管辖者的身份说明“嗣以革去名号，暂居大吉岭。去冬川省事起，藏中至今未靖，意欲维持佛教，请转呈妥商。”10月28日，民国政府发布命令并电告达赖，“现在共和成立，五族一家，前达赖喇嘛诚心内向，从前误解自应捐释，应即复封为‘诚顺赞化西天大善自在佛’，以期维持黄教，赞翊民国，同我太平”。达赖于12月发电回复，文中虽对川军扰藏及复封有冷嘲之意，但也表示了推崇民国总统及赞盼五族平等尊重之意。

袁世凯的北京政府希冀以开复达赖名号同西藏政教上层直接对话，消除隔阂，为此做了不懈努 力。在将恢复达赖名号命令电告噶厦的同时，派遣蒙藏事务局佥事马吉符等为册封使，取道印度赴藏册封，因英国阻挠未能入藏。12月又派温宗尧、王人文为西藏宣抚使，同样因英印政府阻挠过境未能成行。民国中央政府并未因此动摇中国坚持对藏主权的努力，西藏地方与中央政府间的关系也并未因此而中断。1912年8月，为组建中华民国第一届正式国会，北京政府颁布《中华民国国会组织法》和参众两院议员选举法，规定了西藏地方参加选举的办法和西藏当选议员可直接参与民国国政。次年4月，袁世凯加封九世班禅“致忠阐化”名号，赞扬他“效忠民国，维持藏事”之功。与此同时，为挫败帝国主义及分裂主义的图谋，北京政府颁行《西藏第一届国会选举法》，规定“西藏第一届参议员及众议员之选举，得于政府所在地行之”，“西藏之选举监督，以蒙藏事务局总裁充之。”随后，两院西藏议员正式选出，其中参议员及候补议员前后藏各五人，众议员及候补议员前后藏各五人，共40人。他们随即于次年参加了第一届国会常会，参与了中央对全国的治理工作。

袁世凯为使中央政府能与西藏地方直接谈判，于1913年 4月2日任命对藏事有经验的陆兴祺为护理驻藏办事长官。6月14日又任命陈贻范为西藏宣抚使、胡汉民为副使入藏疏通。后因陈贻范参加西姆拉会议，改令王鉴清为执行正宣抚事副宣抚使由川入藏。王鉴清抵昌都后，多次与达赖、噶厦致函联络，建议在昌都直接谈判。尽管帝国主义假手亲英分裂势力阻挠谈判进行，但中央与西藏的关系并未中断。尔后中国中央政府组织的 政治 会议、约法会议、国会等全国性政治会议，都有西藏地方的代表及议员参加。西藏当选的40名参众议员，不管属于达赖或班禅系统，都“夙明大义，首赞共和”，支持中央政府。这哪里有一点“独立”的影子!1914年，刚返回拉萨不久的达赖曾召集过一次西藏各宗及地方头人的代表会议，会议在议及西藏地方与中央的关系时，绝大多数代表提出：只需反对清朝末期对西藏的错误政策，并没有使西藏脱离祖国的意图。英人贝尔在《西藏之过去与现在》一书中也不得不承认：“西藏之官吏僧俗人民中，有左袒中国党，自无容讳……在农民中，吾等亦时时闻其盼望中国复来。……西藏虽倾向自主，尚不欲其在政治上联合已久之中国完全分离。”

1913年10月6日，英国政府宣布承认中华民国政府，而民国始建，即已宣布西藏为中国的一部分，这实际上等于同时承认了中国对西藏的主权。但在实际上，英国却无时不在准备寻找时机把西藏从中国分离出去。英国以此为诱饵，迫使袁世凯最终同意派代表参加西姆拉会议。在英人一手策划下，夏扎抛出由英人帮助炮制的6条提案，基本点是所谓“汉藏地方，是谁也不属于谁的”，要求划定所谓“中藏边界”。这立即遭到当时北洋政府代表的激烈反对，并针锋相对提出 " 条提案，要旨是：必须维持由历史自然形成的中国中央与西藏地方的领属关系。会议因此陷入僵局。麦克马洪以调人自居，提出所谓“调停约稿”。1914年4月27日重行开议后，英方对约稿稍加修改即诱逼中方签字，中国代表陈贻范为“免致决裂”而同意“从权画行”，只写了姓名的 英文 缩写，并特别说明：“画行与签押，当截然分为两事。签押一层，必须奉有训令而后可。”北洋政府于4月28日电令陈贻范：“执事受迫画行，政府不能承认，应即声明取消。”5月1日又电令不得在正式条约上签字。这样，西姆拉条约就成为无效的一纸空文， 而英人与夏扎在会外背着中国代表私下交易的 “麦克马洪线”更是非法的，连英方也迟迟不敢将其公布于世。事后，十三世达赖对夏扎的所作所为表示很不满意。此后，中国历届政府及30年代后的噶厦、民众大会，均多次宣布不承认“西姆拉条约”及“麦克马洪线”。