3 增补史事。由于原本《明史本纪》的“疏略”，乾隆皇帝在四十二年的谕令中还有“添修”之命，于是，《明史本纪》在改修的过程中，于各卷都增补了原先未能载入的史事，共计有百余条。
这些增补的史实中有许多非常重要，如《洪武本纪》中，于洪武三年六月立开中盐法;[24]《宪宗本纪》中，成化员年乙丑诏雪于谦冤;[25]十年八月始设云南巡抚;[26]《武宗本纪》中，十一年八月王守仁巡抚南赣，讨平江西寇盗;[27]《神宗本纪》中，元年八月罢海运等，[28]都是原本《明史》所遗漏的重要内容，“四库”本《明史》予以增补，极为允当。
《明史本纪》中增补的史事还具有针对性。如《宪宗本纪》中增补的史事大多是宪宗的稗政。其中，象他任用方士，宠信僧道的事就有五条：十五年夏四月丁亥，“以方士李孜省为太常寺丞”;十七年春正月，”以方士顾 为太常寺少卿”;十七年冬十月，“以道士邓常恩为太常卿”;十九年九月丁亥末，“诏旌僧继晓母朱氏”;二十三年二月庚辰，“以李孜省为礼部右侍郎”。[29]而《世宗本纪》中所增的各条史事，多为大臣弹劾严嵩而获罪的事件，这些增补直接影响到本纪赞语的修改。
4 赞语的修改。将乾隆四年本《明史》和“四库”本《明史》相校读，我们发现，在明十三朝皇帝的本纪中，景帝、英宗、武宗、宪宗、孝宗、世宗、穆宗七位皇帝的赞语都经过了修改。
通观改后赞语，可以看出，除却明孝宗受到称赞，将其提升为一代“令主”外，[30]其余皇帝都受到了贬抑。如穆宗赞语只有五个字的更改，是将“可为令主也”改为“汔可小康矣”，[31]对原本《明史》中称世宗为“中才之主”的评价，在《明史本纪》的改修中也未得认可，而是以“且倚任权奸，果戮直臣，以快其志，亦独何哉!”[32]给世以尖锐的批评。
原本《明史本纪》赞语的最初作者是应博学鸿儒试的前明遗老。论断难免有所回护或宽恕。而《明史本纪》改修于清王朝的统治已得到巩固的乾隆后期。其赞语的立论自然会发生改变，原本赞语的不切实也明显的显露出来。如英宗赞语的修改完全是针对原本《明史》而发。原《明史本纪》“英宗赞”称英宗前后在位二十四年，无甚稗政，[33]经改修的“英宗赞”则毫不客气地写道：“前后在位二十四年，威福下移，刑赏僭滥，失亦多矣，或胪举盛德，以为无甚稗政，岂为笃论哉?”[34]原《明史·宪宗纪赞》中对宪宗的批评仅限于他被汪直所惑，最终结论也归结为“妇寺之祸可畏”。[35]改修本《宪宗纪赞》则评论说：“顾乃举措混淆，杂流竟进，且不鉴土木之失，柄用汪直，威福下移，厂卫之祸遂兴，有明始终，履霜坚冰，势成积重，可不慎哉!可不慎哉!”[36]词锋犀利，批评严厉，又从祸国的厂卫制度陷明于危亡的角度上立论，见识更为深刻。当然，改修纪赞也有评论不当之处。如原《武宗纪赞》中认为明朝在当时未致灭亡是因为皇帝亲操用人大权，由有一些直臣来补苴匡救，经改修后，则将当时的“危而不亡”归因于“将天心未厌，犹欲挟持而安全之耶?”，[37]反而添入了天命论的色彩，但这仅为极个别的一例。
(二)《明史列传》的考证与修改。
依据《四库全书》本《明史》，我们发现，《明史列传》的考证工作非常繁重，从卷117诸王传到终卷332，列传之末都有考证。卷250，卷255，卷258—264，卷268—280，卷288—295还都附有“考证后”开列乾隆四十一年(1776)赐谥诸臣的姓名和谥号;卷300则附顺治元年(1644)的赐谥诸臣。《明史列传》的考证工作主要由章宗瀛、方炜、黄寿龄、严福四人担任，他们个人总计完成考证分别为74卷、58卷、43卷、39卷。另有刘锡嘏、罗修源、宋铣三人，人各任考一卷(分别为卷156，卷189，卷211)，七人皆为进士翰林官。
据光绪年间的官僚王颂蔚入值枢院时所见的列传部分《明史》考证，共有四种进本 1进呈本。为蓝面册《明史》列传，列传首尾略具案语，用黄签粘于书之上方。人名地名改译和修改处用黄签粘在原文上。
2 稿本。是由总裁审阅的考证，案语和进呈本略同，间有被总裁删改处。
3正本。只有考证，没有《明史》原文，每卷题《明史》卷几考证，意在分附《明史》各卷之后。
4初刊样本。为已将考证附于列传之后的卷本，仍有粘签校改处。[38]
这些都是《明史》列传考证的阶段性工作，可见《明史列传》的考证经过了反复的斟酌，而且进行考证的同时，对正文的错误也作了修正。
《明史列转》引述的资料，从《清实录》、《明实录》明清两代案卷章奏到私家明史著述，明人碑刻墓铭等无不涉及。仅以《公主传》为例，考证纂辑者就引用了刘振《识大录》、王世贞《高帝功臣表》、《恩泽公侯伯表》、《盛世述》、《明异典述》;何乔远《勋封记》、陈仁锡《世法录》、《明实录》、清顺治年间实录，顺治年间刘有福及宁德公主谢恩红本等十余种史料，由此可窥《明史列传》考证引用之丰富。
《明史考证》对原文有注释说明，考异存疑，更正用语，辩误定讹等内容，难以一一尽举，滋简要举例说明：如卷200《刘天和传》称其“奏当兴革者十事”，却无具体内容，卷末《考证》条列奏疏中“当兴者五，当革者五”各项名目，注明见王世贞所撰《刘天和墓志》，[39]这是注释说明之例。卷129《傅友德传》称他曾以五十骑冲却元将库库特穆尔的军营。考证则曰：“臣严福按，友德袭库库营，《开国臣传》《明书》皆作500人，史作五十骑，未知何据?谨识。”[40]这是考异存疑之例。卷133赞语中有“终罹党籍者”，卷末考证认为:明初胡惟庸、蓝玉之案连甚广，但不能与东汉党锢之祸、北宋党争相类比，所以“党籍”二字用语不当。
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