(一) 以地域管理为主的环境管理体制，导致中央政府和地方政府存在行为差异。

中央政府对于环境保护的态度非常重视，制定了一系列关于环境保护的政策法规，把保护环境上升到了基本国策的战略高度。从中央政府的角度来看，由地区间的环境质量得到改善所带来的外溢效应是不存在的，因为任何一个地区的环境质量得到改善都意味着整个国家的环境质量在不断提高。但从地方政府的角度来看，对于环境保护的态度就比较复杂，因为环境本身具有外溢性和跨区域性等特点，该地区对环境问题加大投入进行治理，可能得到收益的并不是该地区而是邻近的其他地区，这样就使得一些地区忽视环境保护而片面地只追求经济效益。在发展与环境的目标选择上，地方的目标函数与中央存在差异。中央政府强调全局的经济、社会发展与环境保护的可持续性，而地方政府的目标则明显偏重于局部、眼前的经济发展。在环境保护政策的决策与实施上，地方政府与中央政府存在着“讨价还价”和“对抗”的倾向。地方政府在落实环境管理的具体政策时，会与中央政府的要求产生一些矛盾与冲突，而地方政府则会凭借自身所拥有的经济资源和信息优势，以“上有政策、下有对策”的方式，尽可能地减少或避免自身利益的损失[2 ] 。所以，在环境管理中地方政府与中央政府存在一定的行为差异。有学者认为，从环境保护的纵向管理上来看，我国是以地域管理为主的管理体制，在这种体制下，各级政府的环境保护行政主管部门只对本级政府负责，在环境保护机构内部上级与下级之间只是一种业务指导关系，上级对下级缺乏应有的制约力，执法过程中容易受到人为因素的干扰[3 ] 。由于区域间经济发展的不平衡，不同地区对于环境污染问题的严重性和保护环境的重要性认识也不相同，因此，在资金投入上也存在着较大差异，有些地区投入了较多的资金用于环境保护，而有些地区则投入较少。这种现象必然造成地区之间环境管理力度上的不均衡，时间一长可能就会导致一些原来重视环境保护的地方政府向不重视环境保护的地方政府看齐，减少资金投入。即使某些地方政府一些有远见的官员真的下大力气治理本地区的环境，但由于环境的特殊性，我们也很难全面衡量其治理环境的业绩，这就使得地方政府的环境保护流于形式。

(二) 地方环境管理机构在设置上不能满足实际需要。

目前全国有不少环境保护部门，特别是县级环境保护部门仍挂靠在城市建设系统上，仅属于城市建设系统的一个部门，这种现象给环境保护的执法工作造成了一定的障碍。城市建设往往引发一定的环境问题，而作为城市建设系统内的机构自然无法对其进行有效的环境监督管理，环境监管难免会流于形式。因为没有独立的机构，人员编制、工作经费等问题也都难以保障。有些地区环境保护部门内的自然保护监督管理机构不健全或者根本没有自然保护监督管理机构，而环境污染防治和自然保护是环境保护工作中不可或缺的两个部分，具有同等重要的地位。反映在机构的设置上，污染防治和自然保护监督管理机构都应该进行强化，不能侧重于任何一方。有些自然保护任务非常繁重的资源或农业大省，到目前为止还没有自然保护监督管理机构，有的省有自然保护监督管理机构但力量薄弱。在一些县和农村，环境和自然保护工作仍然很繁重，但机构的设置和人员的编制则远远不能适应实际需要，甚至还有些地方出现了没有人管理这方面的工作的情况。

(三) 行政区划的地方环境管理体制，不利于跨区域环境问题的协调。

环境问题具有较强的外部性和区域性，一个地区的环境污染可能会影响到周边其他地区，往往会超越行政区划的边界，不受行政辖区界限的限制，如酸雨污染、流域水污染、海洋环境污染、生物多样性等问题，都具有跨行政区域的特点。针对这一现象，设置相应的强有力的流域环境管理机构，同时制定与之相适应的流域环境保护立法就显得尤为重要。

然而我国在这方面的建设还很不够。虽然在几个大的流域建立起了水资源保护委员会，但从隶属关系、职责、权限的配置和法律地位上来看，该类机构并非强有力的流域环境管理机构。而我国目前实行的是以行政区划为单位的环境管理体制，地方环境保护局隶属于地方政府，这就使得一个有机的整体被这种体制分层切块，个别地区为谋求经济的发展而不惜损害其他地区的利益以及阻碍环境管理的地方保护主义现象时有发生。同时，由于部门之间的协调不畅，跨区域执法难度比较大[4 ] 。