2 基层医疗卫生机构实行会计集中核算有如下优点。
2.1 集中核算能客观地反映基层医疗卫生机构的会计收支活动，既可促进基层医疗卫生机构收费项目的合法性，杜绝乱收费等现象的产生，也可促进其严格遵守“收支两条线”的规定，保证所有收入及时、足额入库，防止隐瞒、截留和挪作他用，对杜绝违法乱纪行为、国有资产保值增值和完善招投标制度及推进政府采购制度的贯彻实施等方面都具有积极作用。有助于财政部门和业务主管部门对基层医疗卫生机构的监督。

2.2 集中核算有利于帮助基层医疗卫生机构建立健全各项财产管理制度。同时严格执行有关管理规定，定期、不定期地进行财产清查，保证账实相符。
2.3会计集中核算中心运用会计电算化系统按统一的标准和流程进行会计核算，使核算业务更专业化。还运用权限设置等方法实施有效的内部控制，较好地执行了《会计法》有关不相容岗位相互分离的有关制度。同时会计集中核算中心独立于基层医疗卫生机构之外，使其具备更好的独立性，会计人员能够更好地行使监督职能，对会计资料的真实性、合法性、完整性进行监督，提高会计信息质量。
3 基层医疗卫生机构会计核算中心是对预算单位管理进行的一次重大改革，成功实现了资金的集中核算和全面监督。但目前基层医疗卫生机构会计集中核算中心也因为单位各基层医疗卫生机构经济业务有各自的特殊性，实行集中核算以后存在如下问题急需解决。
3.1 基层医疗卫生机构实行集中核算后，外部财务监督得到加强，但内部牵制机制弱化。会计集中核算将记账、算账、报账等工作集中于会计集中核算中心，而对实物、资产、合同等需要反映的经济事项仍然分散在单位，使单位的财务管理工作脱节，弱化单位自身的财务管理。
3.2 基层医疗卫生机构会计业务交由会计集中核算中心代理核算后，基层医疗卫生机构不设会计岗位，只设一名财务联络员。单位财务状况知情面范围缩小，财务负责人一支笔审批，财务支出情况不公开透明。虽然会计集中核算中心在代理记账时也履行了监督职能，但由于其毕竟置身于单位外部环境，对单位的经济业务的真实性无法掌握，有些复杂问题也难以分辨。像有些会计业务经办会计只能识别票据的合法性、合规性，无法识别票据的真实性和经济事项的真伪。一些单位以住宿、会议、印刷、修理及劳务等票据列支的其他不合规支出，经办会计即使发现有以上违规列支的行为，但因缺少足够的证据和精力也很难进一步深究。
3.3 会计集中核算的实施不利于责任的划分。会计集中核算中心经办会计远离基层医疗卫生机构经营管理现场，不能了解单位经营管理活动真实情况，每天面对大量的票据，无法对票据进行深入研究分析其真实合法性。尽管基层医疗卫生机构会计集中核算中心成立的前提条件是资金的三项权利不变，但集中核算单位仍然会将会计核算和财务管理的相关责任推向会计集中核算中心。而并不参与单位经济活动过程，不了解经济业务实质的中心经办会计总是陷入一种两难的局面。当出现虚假会计信息或遗漏核算事项时，就会出现会计核算中心和核算单位之间的相互推委，责任不清。