二、证券无纸化与我国证券登记存管法规范的不适性
　　《证券法》确立了我国证券登记结算体制的基本框架，即“集中登记、存管与结算”模式。从时间来看，我国证券登记存管的法律制度建立在证券无纸化之后，立法基础比较充足，但从规范内容来看，立法质量并不高，证券登记存管法律规范仍表现出相对证券无纸化技术性规范的不适应性。
　　(一) 证券持有方式的不适性
　　《证券法》将我国证券登记体系建立在证券直接持有模式基础上，但国务院及证监会、中登公司等的行政法规、部门规章、行业规范等则在法律之外创造了证券间接持有模式。如国务院早在1995年《关于股份有限公司境内上市外资股的规定》就确立了境内上市外资股的间接持有方式，即“境内上市外资股的权益拥有人，可以将其股份登记在名义持有人名下”。中登公司2002年《关于落实<证券账户管理规则>中有关B股账户业务补充通知》第7条规定：“境外投资者可以名义持有人的名义开立证券账户。”而证监会《证券登记结算管理办法》通过“依据法律、行政法规和中国证监会的规定，证券记录在名义持有人证券账户内的，从其规定”的规定，以例外的方式将证券间接持有方式一般化。尽管如此，证券间接持有还是因上位法依据的欠缺面临合法性问题。
　　另外，对于违约会员的证券被转移占有至结算(存管)体系的名义下的，由于目前登记和存管结算混合，结算中心难以作为名义持有人出现在向外出具的股东名册上，否则就会出现自己为自己记录持有并确权的怪现象。因此在目前的实际操作中，登记结算公司在股东名册中对于结算体系的账户不得不对名称或持有进行“屏蔽”处理，这样做就影响了股东名册披露的完整性和透明度(注：中国结算上海分公司独立登记系统研究小组：《独立登记系统的研究与设计》，2006年内部资料，第7-8页。)。登记与结算功能合为一体使中登公司处于既是裁判者又是参与者的冲突地位，而证券直接持有使这种冲突显化，从而不得不牺牲信息公开来保障权利。
　　(二)证券登记体系的不适性
　　证券登记具有证券资产的确权功能。《证券法》规定，证券登记结算机构应当根据证券登记结算的结果，确认证券持有人持有证券的事实，提供证券持有人登记资料。《证券登记结算管理办法》也明确规定，证券登记结算机构根据证券账户的记录，确认证券持有人持有证券的事实，办理证券持有人名册的登记，且证券登记结算机构应当保证证券持有人名册和登记过户记录真实、准确、完整。在间接持有模式下，证券登记在名义持有人名下，名义持有人依法享有作为证券持有人的相关权利，而证券权益拥有人对证券资产的权利证明仍仅依赖于名义持有人出具的证券权益拥有人的证券持有记录。尽管《证券登记规则》要求名义持有人对其名下证券权益拥有人承担相应的义务，而中登公司也有权要求名义持有人提供其名下证券权益拥有人的相关明细资料，但在与证券间接持有相配套的权利、义务和责任体系健全之前，证券登记的确权功能仍面临着公正与公平的质疑。
　　在证券登记机构与结算机构合一的登记结算体系下，证券登记在保障投资者权益方面还存在问题。《证券法》规定：“结算参与人与客户之间的证券划付，应当委托证券登记结算机构代为办理。”实践中的操作是，证券交收由中登公司通过在投资者证券账户之间直接划拨完成，并进行股东名册的变更登记。与资金的二级结算制度不同的是，证券交收实行直接划拨制度，划拨之后再通过登记系统进行变更登记。由于证券划拨与变更登记在同一机构内部完成，在权益变更方面只有内部审查机制，且这种内部审查仅在划拨之前具有实质意义，故投资者在证券划拨过程中的权益很难保障。
　　(三)证券存管体系的不适性
　　关于我国证券存管体系，中登公司实行的是“中央登记(存管)、二级托管”体制，即投资者的证券是先托管在证券公司处，再由证券公司托管在中登公司处——为示区别，将后一层托管关系称为存管——中登公司只对证券公司承担托管责任(注：郭雳、廖凡：《我国证券登记结算法律的进展与疑惑》，《证券市场导报》2007年2月号。)。我国《证券法》有实质意义的规定只有一条，即证券持有人持有的证券，在上市交易时，应当全部存管在证券登记结算机构。这就确立了上市交易证券强制存管制度。但其既未指出托管这层法律关系，也未对存管主体作出规定，二级托管同样面临上位法缺失的问题。

《证券登记结算管理办法》明确了托管与存管这两个层次，托管关系建立在投资者与证券公司之间，而存管关系建立在证券公司与中登公司之间。这一制度设计旨在使中登公司与投资者之间在存管责任方面完全隔离开，即投资者只能向证券公司主张存管责任。但有趣的是，证券公司自营账户同样应当存管到中登公司，中登公司与证券公司在此建立了直接的存管关系。同样是存管到中登公司的证券账户，在存管责任问题上却有不同的法律效果，显见对经纪账户投资者的不平等保护。尽管《证券登记结算管理办法》试图在形式上将中登公司从直接的托管法律关系中解脱出来，但又规定投资者证券账户的维护责任由证券公司委托给证券登记结算机构，这里显然形成了一种转委托的法律关系，而转委托中受托人对委托人而非转委托人承担直接责任的规定，实际上又将中登公司拖入直接的托管责任中。这是中国证券存管体系存在的最大问题，也是最基础的问题——存管法律关系模糊。