隆庆三年(1569年)十二月，高拱任首辅兼掌吏部后 ，目击内外交困的时局，耳听革除弊政的呼吁，提出“非大破格整顿，必不能易乱以为治”。。的改革主张，并在穆宗的大力支持下 ，为整顿法制采取了许多措施。

一是督令讲律，明晓法制。高拱认为，当时法制败坏的重要原因之一，是由于执法者“昧于法律，误罗宪章”所致。要改变这种状况，就必须使他们讲求律例 ，明晓法制。隆庆五年(1571年)三月 ，他提出将当年所录取的第二、第三甲新科进士 393人分拨各衙门，要求“讲求律例，习学政体，定以课程，时加考校，务期明晓法制，通达治理” ，并以考核成绩作为选用的主要依据。四月，他又提出了更加具体的措施：“合行各衙门堂上官，督令讲律，限定书程，不时查考，或摘条面讯，以稽勤惰。仍拣选知律吏书数人，量进士多寡，如五六人拨与一人，俾与辩证解说，务使律例通晓。则 日后听断检验等事，自不眩于人言，不泥于己见 ，不必委托佐贰而用之有余，民可无冤矣。” 观政进士和州县正官能否明晓法例，通达治理，直接关系到能否有效推行法治和保证司法公正。高拱这一举措 ，就是让他们从 习学律例 和司法实践中得到历练与培养，以便从中选拔出高素质的、能胜任司法审判的官员。

二是刑官久任，公于听断。立法是为了行法 ，行法就必须公正。只有实行刑部司官“久任之法”，才能精贯律例 ，革除刑狱冤滥之弊。隆庆五年(1571年)十二月，高拱提出：“刑乃民命所系，而刑部则司刑之总也。有堂官 主于上，有司属分理于下。居是职者，使非律例精贯，则比拟轻重，必不能当其情;然非久于其职 ，则阅历未深，讲究未熟，欲其精贯，亦不可得。此久任之法，不可以不行也。” 高拱规定，刑官必须专业化 、职业化，要求他们能律例精贯，熟练而准确地依法量刑判案，并对其履行职责情况进行密切监督，区分优劣而加以严格考核赏罚。这一改革在中国法制史上是前所未有的创举。

三是从严执法，弭盗安民。当时职掌监察和司法的官员总是从 自己的宦途得失考虑，地方出了人命盗案，往往隐瞒不报，或者诲盗为窃，以死作伤，甚至故意纵容盗贼的嚣张气焰。这不仅威胁到黎民百姓的生命财产安全，而且也严重威胁到明王朝的统治。高拱严厉指 出：“今海内少安，惟多盗为可忧。而燕 、赵、兖、邳 、徐 、颍、毫、襄、邓、嵩河之问为尤甚。 今遍地皆盗，倘有揭竿而呼者 ，可立聚千万，将何以处哉?” 隆庆五年(1571年)十一月 ，江西安义县发生官库被劫事件。强盗项伯等劫去官银 2895两 ，知县曾知经也被贼寇捉拿。发生如此重大的劫库案件，显然是地方官失职渎职所致。高拱认为，有 司官“往往受盗之贿，不行缉拿，即有拿获，又多放纵 ，却只蒙蔽上官，以为地方无盗，而上官者亦甘其蒙蔽。苟称目前无事，以待迁转，习以成风，彼此相效，以为善宦。于是有司之蒙蔽 日益甚，而盗之猖獗 日益不可制。 直至杀官劫库，不容隐匿，乃始申报上司，却又以重为轻，以多为少 ，支吾 了事。而上司者亦恐有己责也，亦为之以重为轻，以多为少 ，支吾 了事。盖不惟贼之故态 ，官皆知之;而官之本情 ，贼亦皆知之。彼此相款 ，安然无事。此其所以 日益滋蔓而不可图也。”。 盗贼猖獗的根源不仅在于各级官吏大失职守，未能有效履行捕盗和稽察的职责，而且还在于官盗勾结，同流合污。因此，高拱提出，要遏止盗贼猖獗之势 ，就必须从整饬法纪着手，对那些失职渎职的官吏，坚决予以惩治制裁：“若不重为议处 ，恐故套牢不可破，官以蒙蔽为当然，而盗 以劫掠为当然，将使 良民皆化为盗，脱有揭竿而呼者 ，又将何以处也?合无将曾知经革职为民，方 良曙降俸一级 ，戴罪管事，其抚按官姑行戒饬，以后另议为条格。”

四是严惩贪酷，反对苛暴。嘉 、隆之际，法制败坏的重要表现之一是贪酷之风盛行。“酷吏鞫狱，无中生有，深文罗织 ，钉人人罪” ，甚至杖死无辜人命。为了遏制贪酷之风，高拱要求执法官员“严断以用法”” ，既不能失出亦不能失入，不容许畸轻畸重，任意伸缩，“申饬有司官慎重刑名，毋辄轻入 ;恤刑官详审狱情 ，毋得轻出” 。他坚决反对残暴酷烈，非法暴刑。据《掌铨题稿》统计，高拱在执政期问，严惩贪酷官吏近百人。其中，既有知县 、知州、知府等地方官吏，也有尚书、侍郎、总督等军政大员。如，河南开封府祥符县知县谢万寿 ，性格刚暴 ，擅用暴刑，致死无辜苏仲仁等 12人。而当地的抚按官却认为，他初入仕途，在任 日浅 ，上疏要求从轻发落。高拱在批文中反驳道：“为照酷刑者为民，国有成例。今知县谢万寿淫刑以逞，打死人命数多，其酷甚矣。以酷而 留其官，是废朝廷之法 ;以酷而调其官，是残他处之民。若谓在任 日浅，情有可惜 ，则人命、国法顾不可惜与?” 最终将谢万寿革职为民。

在惩治贪酷的实践中，高拱认识到，贪酷相连，以酷济贪。贪是目的，酷是手段。因此对贪酷之官，必须从重惩处。如，刑部山西司郎中孙大霖职掌刑名，却执法犯法，受贿银 2000余两 ，并制造多起重大冤狱。高拱认为，“孙大霖立志粗鄙，行 已卑 污，鞫狱 纳贿 于西 曹，恤 刑 遗羞 于东省” 。后将孙大霖依照贪例，罢斥为民。又如，大理寺右寺丞孙丕扬，因接纳乡官王表的贿银 500余两 ，被礼科给事中程文具疏论劾。高拱在批文中指出：“孙丕扬黩货害人，咸有证据，则其心术已坏，行检已亏，即宜罢斥。但风宪官犯赃罪，有不 止于罢斥 者，必须 勘 明，乃可 尽法而服其心。” 最终孙丕扬被革职听勘。再如，隆庆五年(1571年)正月，高拱一次“下贪酷异常知府徐必进等二十五人，御史按问追赃” 。另外 ，两广总督刘焘，兵部左侍郎王之诰，提督操江都御史李邦珍，刑部右侍郎游居敬，辽东巡抚毛纲，南京兵部侍郎姜廷熙，应天巡抚陈道基，云南巡抚曹三唠等军政高官，都因或贪或酷，或贪酷兼具，均受到制裁惩治。

五是平反冤狱，注意慎刑。高拱主张明刑执法，慎于用狱 ，反对残暴酷烈的镇压手段，绝不能将苛暴残刻等同于重视法纪。“夫刑以诘奸戢乱 ，圣王之所慎也” 。基于这种认识，他一再要求司刑官员和巡按御史在审判案件中，不管是大案小案，应慎重刑罪，据实审判，尽量避免冤假错案。高拱言：“若中有事出风闻不的者，亦与辩理，以服其心，毋拘成案，致有亏枉。” 。‘‘抚按衙门以后凡遇听勘官员，务要秉公，作速查勘。固不可使漏网之得逃，亦不可使覆盆之徒苦，则法令平而人心服，治道其可兴也” 。这不仅说明高拱熟谙刑名，具有较高的法学素养，而且也说明他对冤假错案的高度防备和警惕，纠正不遗余力。他从“本之以公，行之以慎” 的原则出发，在万机待理之际，仍亲自参与问理刑名的实践 ，甚至重审一些已经奉旨判决，但随后发觉其为诬枉的重大案件，支持翻案，力纠错案。例如，高拱亲自主持并参与了隆庆四年(1570年)九月的朝审。朝审之前，他详阅案卷一个多月，然后会同三法司官员，在朝房逐件面究十余 日。朝审两天，他又亲 自执笔谳决，对 470起重犯“各令尽言，面查其情”，务求真实，最终审出冤案 139起。他在下野之后，追忆此事说：“予摄吏部时，审录重犯，盖详阅文卷者月余，乃集刑官于朝房，件件面究者又十余日。又奏请朝审，分为二 日，以尽其详。审时，各令尽言，面查其情，颇为尽心。是时，重犯凡四百七十起，乃审出冤狱一百三十九人。其余尚有情冤，而佐证未甚的者，不敢释也。因知司刑者亦甚草草。至今每一念及，犹甚哀矜焉。” 往年朝审，平反冤狱不过三四十人，而高拱在这次朝审中却审出冤狱 139人，平反之多，效率之高，是历年朝审所没有过的。高拱身为首辅又兼吏部尚书，在阁务 、部务繁忙之际，还亲自参与朝审，不惮阅视案卷之劳，面查狱犯之苦，这种一丝不苟、尽职尽责的精神，也是历任首辅所少见的。