首先，作为主体之人的活动对象，客体不仅仅是自然界，也包括他人、社会乃至主体自身。将客体等同为自然界，把主客关系仅仅限定为人与自然的关系，势必导致只承认人在认识、改造自然方面的主体性而否定人在社会政治、伦理道德、艺术审美诸领域的主体性。与西方哲学相比，中国传统哲学的主流固然不重视人在认识和征服自然界方面的主体性，因而导致科学的落后，但这并不意味着传统必定缺乏主体性思想和主体性原则。

其次，传统所谓的“天人合一”，作为中国哲学的基本思维方式和最高价值理想，其主要不是从人与自然界的关系上论述的，也不是从人对自然界客观规律的认识与利用，对自然界的改造与征服上论述的，而是就人与终极存在、价值本体的关系立论，论述的是人的终极关怀问题、安心立命问题，其根本意蕴为：人生的最高价值与终极意义在于实现与天为一。蒙培元指出，“天人合一”是讲心灵境界的，其根本意义在于解决人的心灵问题。在这里，“天”主要指世界本体，即所谓“天德”、“天道”，具有形而上的意义，但“天道”是内在于人而存在的，是由人来体现或实现的，离开了人，所谓“天”便毫无意义。高晨阳亦指出，“天人合一”是一个价值性命题，旨在为人的生命存在方式确立一个形而上的价值依据，其中的“天”并不是一个与主体自我相对立的客观存在，而是一个内在于主体的价值性范畴。儒家主张“天人合一”，其目的在于从形而上的高度确证人的道德原则或道德生活的当然与必然。传统所谓“天”固然也有自然之天的涵义，但正如郭齐勇所说，把“天”理解为自然之天，而不是神性意义的、终极之天，把“天人合一”看作是自然与人的统一，只涉及“天人合一”的表层意义。退而言之，即使勉强可以从人与自然的关系角度来理解，“天人合一”说也是在区别人与自然的基础上追求二者的和谐统一，并不意味着中国古代哲学家不能区分主客，不能区分人与自然。

意识是人脑的机能，是人区别于、高于动物的本质特征。人类意识的发生过程既是人的自我意识即主体意识自觉的过程，又是人的对象意识产生的过程，由此形成认识的主客关系，进而形成实践的主客关系。“在整个人类的历史上，人把自身作为主体同对象、客体区别开来，标志着人的意识的诞生，意味着真正意义上的人的诞生，意味着人类从狭义的动物界中提升出来，意味着人开始从自然的、野蛮的状态进入社会的、文化的状态。”-l0J在人类社会早期的漫长历史中，人类一方面受控于盲目的巨大的自然力，另一方面也在与自然的斗争中缓慢地认识自然，认识人类自身。这一点可从作为人类文化最早成果的上古神话传说与宗教观念中获得具体的验证。原始神话与宗教无疑是人类思维水平与生产力水平低下、人类自身力量弱小的产物，老子哲学的主体性原则不过，“若进一步看，神话传说、宗教观念中的神灵实际上是自然力的化身、自然力的人格化，它们中的英雄实际上是人类主体力量和智慧的化身;英雄与神灵之间的关系是人与自然关系的折射，他们之间的斗争是人类主体力量与自然力量相互较量的生动写照。因此，神话传说、宗教观念本质上是一种以特殊的形式对人与自然、主体与客体之间关系的抽象的歪曲的反映，但在其背后却暗含着对人的主体性本质力量的呼唤和热望，体现着人竭力同化自然以利自身生存和发展的战斗风貌”…]。因此，认为中国古代哲学家不能区分主客，不能区分人与自然，这是不科学的。