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本病的内科治疗原则及用药和溃疡性结肠炎大致相同。
一、一般治疗 有活动期病变者宜卧床休息，给高热量易消化、富营养饮食。严重病人应予补液，纠正脱水和电解质平衡失调，静脉高营养疗法或鼻饲要素饮食。腹痛可用抗胆碱能药物，如颠茄制剂、普鲁本辛等。腹泻者可用钙剂和试用消胆胺，贫血者补充维生素B12、叶酸或输血。血清蛋白过低者可给静脉输血清白蛋白、水解蛋白。
二、水杨酸偶氮磺胺吡啶(SASP) 对本病有一定疗效，用法参照本篇第七节(溃疡性结肠炎)。
三、肾上腺糖皮质激素 适用于本病的活动期，对控制症状有效。用法参照溃疡性结肠炎。病变以左半结肠为主者亦可用激素保留灌肠。有腹腔化脓感染及瘘管形成者不宜使用。
四、其他 为控制肠道继发感染要选用庆大霉素、氨苄青霉素等，针对肠道厌氧菌感染可给甲硝唑400mg，每日三次口服，长期服此药一般无严重副作用。慢性持续或反复发作的病例，特别是对肾上腺皮质激素治疗无效的患者，可试用免疫抑制剂硫唑嘌呤，每日2mg/kg。近来有报道用环胞素A治疗本病，疗效好。
五、手术治疗 因术后的复发率高，故手术适应证限于肠穿孔、完全性肠梗阻、下消化道大出血、瘘管及脓肿形成，经内科治疗无效的中毒巨结肠及疑有结肠癌等。一般采用回肠造瘘术或全结肠切除术。