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一、处理原则
处理的一般原则应该是了解用药意图，发挥制剂应有的疗效，保证用药安全。
在审查处方发现疑问时，首先应与处方医师联系，了解用药意图，明确对象及给药途径作为配发的基本条件。例如患者的年龄、性别、病情及其严重程度、用药途径等，对患有合并症的病人审方时应注意禁忌症。之后，再结合药物的物理、化学和药理等性质分析可能产生的不利因素和作用，对处方成份、剂量、发出量、用法等各方面进行全面审查，确定克服方法，必要时还须与医师联系，共同确定解决的方法，使药剂能在具体条件下，较好地发挥疗效并使病人使用方便，保证用药安全。
二、处理方法
疗效的配伍禁忌必须在了解医师用药意图后，共同加以矫正和解决。物理或化学配伍禁忌的处理，一般可在上述原则的基础上按下列方法进行：
1.改变贮存条件
有些药物在使用过程中，由于贮存条件的影响会加速沉淀、变色或分解，故应在密闭及避光条件下，贮于棕色瓶中，发出的剂量不宜多。
2.改变调配次序
改变调配次序能避免一些不应产生的配伍禁忌。在很多溶液中，混合次序均能影响生产工序的繁简与成品的质量，如三氯叔丁醇与苯甲醇各0.5%在水中配伍时，三氯叔丁醇在冷水中溶解很慢，但极易溶于苯甲醇，可先将二者混合，然后加注射用水至要求。
3.改变溶剂或添加助溶剂等
改变溶剂是指改变溶剂容量或改用混合溶剂，常用于防止或延缓溶液剂析出沉淀或分层。当药物因超过本身的溶解度而析出沉淀时，用此方法可有效地克服。如制备含电解质的芳香水剂时易析出挥发油，将芳香水剂稀释后可消除;如果加适当的混合溶剂、助溶剂、表面活性剂也能得到澄明溶液。
4.调整溶液pH值
氢离子浓度的改变能影响很多微溶性药物的稳定性，此外氢离子浓度的改变往往能使一些药物的氧化、水解或降解等作用加速或延缓，这类型的药物非常多，对于注射用药物，精确地控制氢离子浓度更为重要。
5.改换药物或改变剂型
征得医师的同意后可改换药物，但所换药物的疗效应尽量与原药物近似，用法也应尽可能与原方一致。注射剂之间若发生物理化学配伍禁忌时，通常不能配伍使用，可分别注射或建议医师用其它的注射剂。