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药物到达作用部位后，与受体形成复合物，产生生理和生化的变化，达到调节机体功能或治疗疾病的目的。药物与受体的作用-方面依赖于药物特定的化学结构，以及该结构与受体的空间互补性，另-方面还取决于药物和受体的结合方式。药物和受体的结合方式有化学方式和物理方式，化学的方式是通过共价键结合形成不可逆复合物，物理的方式是通过离子键、氢键、离子偶极、范德华力和疏水性等结合形成可逆的复合物。
但对于药物的作用方式来讲，结构又有两种不同类型。一类是结构非特异性药物：药物的药效作用主要受药物的理化性质影响而与药物的化学结构类型关系较少，如全身麻醉药，尽管这些药物的化学结构类型有多种，但其麻醉作用与药物的脂水分配系数有关;另一类是结构特异性药物：药物的作用依赖于药物分子特异的化学结构，该化学结构与受体相互作用后才能产生影响，因此化学结构的变化会直接影响其药效。而大多数药物属于结构特异性药物。结构特异性药物中，能被受体所识别和结合的三维结构要素的组合又称为药效团。受体与药物的结合实际上是与药物结构中药效团的结合，这与药物结构上官能团的静电性、疏水性及基团的大小有关。