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人类许多疾病在一个相当长时间内随着社会生活条件改变，医疗技术的进步，自然条件的变化而发生显著变化，使其感染类型、病原体种类及宿主均有很大的不同，即称之为长期变异。如近年来传染性疾病的种类发生了很大变化。我国既往伤寒、细菌性痢疾、霍乱、炭疽、白喉、布鲁菌病、麻疹、脑膜炎等经常发生流行或大流行。但经过大力防治，这些疾病的发病率明显下降。另外一些感染性疾病也发生了较大变化。感染往往来自体内毒力弱的、内源性的“正常菌丛”或腐物寄生菌或机会致病菌，宿主也往往是抵抗力弱的病人、老年人和婴幼儿。
美国从血液中检出的细菌，50年代初期以革兰阳性球菌为主，50年代末到60年代初则以革兰阴性菌为主。 我国大连地区报告，1957～1986年临床检出细菌变迁情况：革兰阳性葡萄球菌从1957年55.7%，下降到1986年36.2%;链球菌从53.6%下降到8.8%;肺炎球菌由99.8%下降到2.9%.而革兰阴性大肠杆菌、产气杆菌、克雷伯菌、绿脓杆菌则均有上升。这种感染细胞谱型的变迁与磺胺、青霉素、链毒素的广泛应用，一些新的诊断、治疗措施的开展，卫生条件改善，计划免疫的实施等有关。
在长期变异中，E1Tor型霍乱自1961年以来失去“地方性”特征，广泛在亚、欧、非各洲流行。1992年10月在印度又出现了O139霍乱，根据其在印度传播范围及广泛播散的能力，预示第八次霍乱大流行已开始。
经过长期变异，我国疾病谱发生了显著变化。近20余年来我国一些传染病如甲型病毒性肝炎的广泛流行，乙型病毒性肝炎带毒者的大量存在，丙型病毒性肝炎的出现，细菌性食物中毒不断发生，肺结核病死率虽然下降，而发病率仍然较高。一些性传播疾病的上升，狂犬病的蔓延等，都值得注意。而国外也是如此，如日本近年来胃癌发病率降低，乳腺癌、大肠癌则有上升。
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