第一，消化系统疾病及功能紊乱，如腹胀、腹泻或便秘等情况。
第二，内分泌变化。有些女性每逢经期或行经前后就会出现口腔溃疡，用药治疗只能暂时缓解，下个月行经时依然如故地出现，疼痛难忍，与此同时，还常伴有口干、心烦、易怒和大便干结等令人烦恼的症状，这可能是与月经前的孕酮水平增高，雌激素的水平降低有关。有研究显示，对月经前发生复发性口腔溃疡的病人给予雌激素治疗，可以收到良好的效果，而妊娠期的女性，雌激素水平又会升高，所以经常发作口腔溃疡的患者，在怀孕期间往往症状会得到明显的改善。
第三，精神因素。有的患者在精神紧张、情绪波动、睡眠状况不佳的情况下才会发病，这可能与植物神经功能失调有关。
第四，遗传因素。如果父母双方都患有复发性口腔溃疡时，其子女约有80%～90%的概率患有此病;若双亲之一患此病时，其子女约有50%～60%患病概率。
第五，其他一些因素，包括缺乏微量元素锌、铁、叶酸、维生素B12等，可能会降低免疫功能，从而增加复发性口腔溃疡发病的可能性。