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目前认为孕期及产褥期阴道内的生态极复杂，有大量需氧菌、厌氧菌、真菌以及衣原体、支原体等寄生，但以厌氧菌占优势。另外，许多非致病菌在特定的环境下也要以致病。
(1)需氧性链球菌：β-溶血性链球菌可分18族，B族链球菌(GBS)产生外毒素与溶组织酶，使其致病力、毒力、播散能力较强，与产褥感染关系密切，可引起严重感染，其临床特点为发热早(平均在产后11小时)，体温超过38℃，有寒战、心率快、腹胀、子宫复旧不良、子宫旁或附件区触痛，甚至伴发菌血症。需氧性链球菌是外源性感染的主要致病菌。
(2)大肠杆菌属：大肠杆菌与其相关的革兰氏阴性杆菌、变形杆菌，是外源性感染的主要菌种，也是菌血症和感染性休克最常见的病原菌。大肠杆菌寄生在阴道、会阴、尿道口周围，可于产褥期迅速增殖而发病。大肠杆菌在不同的环境对抗生素的敏感性有很大差异，需行药物敏感试验。
(3)葡萄球菌：主要致病菌是金黄色葡萄球菌和表皮葡萄球菌。二者的致病有显著不同。金黄色葡萄菌多为外源性感染，很容易引起严重的伤口感染。表皮葡萄球菌存在于阴道菌丛内，引起的感染较轻。葡萄球菌因能产生青霉素酶而对青霉素出现耐药性。
(4)厌氧性链球菌：以消化链球菌和消化球菌多见，存在于正常阴道中。当产道损伤时残留组织坏死，局部氧化还原电势低，该菌迅速繁殖，与大肠杆菌混合感染，放出异常恶臭气味。
(5)厌氧类杆菌属：为一组绝对厌氧的革兰氏阴性杆菌，包括脆弱类杆菌、产色素类杆菌等。此类细菌有加速血液凝固的特点，可引起感染邻近部位的血栓性静脉炎。
此外，梭状芽孢杆菌、淋病双球菌均可导致产褥感染，但较少见。支原体和衣原体也可是产褥感染的病原体之一。