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关于命门的部位从部位言，有右肾与两肾及两肾之间的区别。
(1)右肾为命门说：《难经》首先提出右肾为命门说。自《难经》之后，晋代王叔和、明代李梃等人均认为右肾为命门。其中，李梃《医学入门·命门赋》对命门的部位和生理功能论述得较为详尽：“命门下寄肾右，而丝系曲透膀胱之间，上为心包，隔膜横连脂漫之外，配左肾以藏真精，男女阴阳攸分，相君火以系元气，疾病生死是赖。”
(2)两肾总号为命门说：元代滑寿首倡此说，认为“命门，其气与肾通，是肾之两者，其实一耳。”明代虞抟明确提出“两肾总号为命门”，其在《医学正传·医学或问》中说：“夫两肾固为真原之根本，性命之所关，虽有水脏，而实有相火寓乎其中，像水中之龙火，因其动而发也。寓意当以两肾总号为命门，其命门穴正像门中之杖闑，司开阖之象也。”虞氏否定了左为肾右为命门之说，认为“若独指乎右肾为相火，以三焦之配，尚恐立言之未精也。”张介宾《类经附翼·求正录。三焦包络命门辨》也说：“是命门总乎两肾，而两肾皆属命门。”
(3)两肾之间为命门说：此说首推明代赵献可。他在《素问·灵兰秘典论》“主不明，则十二官危”的启示下，认为十二官之外，还有一个人身之主，即是命门。“命门即在两肾各一寸五分之间，当一身之中，《内经》曰‘七节之旁，中有小心’是也，名曰命门，是真君真主，乃一身之太极，无形可见，而两肾之中，是其安宅也”(《医贯·内经十二官论》)。赵氏之说对后世影响很大，清代医家陈士铎、陈修园、林佩琴等皆认为命门部位在两肾之间。
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