1.重大基础设施和公益性项目的方案比较，原则上应通过国民经济评价和综合评价来确定。
2.方案比较应遵循效益与费用计算口径对应一致的原则。
3.方案比较应注意各个方案间的可比性：
(1)服务年限可比，所比较方案的服务年限相同，如有不同应设法在相同期间内进行对比;
(2)计算基础资料可比，包括设备价格、材料价格及工资单价等价格指标要相同，各种消耗指标应采用同一资料，投资估算应采用同一指标等;
(3)设计深度相同，即各设计方案的详细程度相同，效益与费用的计算范围一致;
(4)经济计算方法相同。
差额投资内部收益率是两方案各年净现金流量差额的现值之和等于零的折现率，其表达式如下。
1.财务评价时：
式中： 为差额投资财务内部收益率;为投资大的方案年净现金流量;为投资小的方案年净现金流量。
2.国民经济评价时：
式中： 为差额投资经济内部收益率;为投资大的方案年净效益流量;为投资小的方案年净效益流量。
前两个公式也可改写为：
当财务基准收益率或要求达到的收益率)，或(社会折现率)时，以投资大的方案为优，反之，则以投资小的方案为优。
当寿命期不同的方案采用差额投资内部收益率法进行方案比较时，采用两方案年值相等时的折现率计算差额投资内部收益率更方便。
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