1922年，附中率先采用三三制新学制并编定新学制课程大纲，实验道尔顿制，推动了全国中学的学制和课程改革；抗战期间，艾伟主持开办中学六年一贯制学习心理实验班；50年代，进行高中文理农分科教学实验和四二制试点班教学改革；60年代，在江苏省教育厅的主持下，进行了旨在推动学生生动活泼主动发展的教育改革；80年代，在国家教委的指导和香港华夏教育基金会的资助下进行了高中课程结构改革；90年代，附中实行高中阶段必修课分层次教学实验，被列为国家"八五"科学规划重点项目的子课题；进入21世纪，学校正在构建"塑造创造性人格"的育人模式，推动高层次、高质量的素质教育，使学生的素质得到全面均衡又富有个性的发展。

南师附中曾十易校名，七迁校址：

1902年三江师范学堂附属中学堂筹建；

1906年 更名为两江师范学堂附属中学堂；

1915年 更名为南京高等师范学校附属中学；

1923年 更名为国立东南大学附属中学；

1927年6月 更名为国立第四中山大学实验学校；

1928年2月 更名为国立江苏大学实验学校；

1928年5月 更名为国立中央大学实验学校（中大实校包含幼稚园、小学、初中和高中四部，初中部和高中部为中大实中）；

1937年抗战爆发，国立中央大学实验学校迁往贵阳马鞍山；国立中央大学附属中学（国立十四中，即国立第十四中学）设在重庆青木关，并于1942年在沙坪坝增设中大附中分校；

1946年抗战胜利后次年，马鞍山中大实中、青木关中大附中、沙坪坝中大附中分校迁回南京，合并为国立中央大学附属中学；

1949年8月 更名为国立南京大学附属中学；

1950年10月 径称南京大学附属中学；

1952年南京大学师范学院独立组建为南京师范学院，南京大学附属中学改为南京师范学院附属中学；

1968年 更名为南京市鲁迅中学；

1978年 恢复为南京师范学院附属中学；

1984年 南京师范学院更名为南京师范大学，南京师范学院附属中学更名为南京师范大学附属中学，简称“南师附中”。

2001年 南京师范大学附中(本部、树人国际）

2003年 南京师范大学附中(本部、树人国际、江宁分校)

2002- 南京师范大学附中（本部、树人国际）、江宁分校

2005- 新城初级中学

2006- 南师附中树人国际学校宿迁分校