BPR的方式有事前、事中和事后三种方式，但各有利弊。
现在进行事前BPR方式的比较多，主流的erp实施方案基本是这种模式，在实施前，先派出有经验的顾问，对企业进行详细的调研，形成需求报告，然后按需求报告的指引进行BPR,使企业管理正规化，在此之后再进行ERP的实施，这种方式的好处就是先加强了企业管理，严格界定了ERP的实施边界，使实施工作可以有序地进行;缺点是需求报告不一定反映了企业的真实需求或全部需求，因为调研主要以收集现有资料和访谈为主，这种方式不一定能够代表企业的实际管理状况，也不一定适应企业未来的管理需要，更大的问题是对现有管理体制造成比较大的冲击，因此这种方式可能对实施过程中出现的变化不能即时反映，为未来ERP的实施和应用留下隐患，先进行BPR而导致ERP实施失败的例子也时有耳闻。
事中BPR的方式，是以企业当前的管理模式为基础，在ERP系统中映射出现有的管理流程，并在实施中逐步发现现有管理流程和制度的不足之处，及时加以改进，这种方式的优点是不会造成现有管理秩序的重大变动，以渐进式的改良为主;缺点是改进的力度不够大，不能从根本上改进某些管理问题，比较典型的例子就是一些问题的讨论陷入胶着状态，长时间形不成结论，从而使ERP的实施进展受到阻碍。
事后BPR的方式，是以企业当前的管理模式为基础，在ERP系统中映射出现有的管理流程，/考试大/收集/在实施过程中不对当前的管理状况进行任何变动，实施ERP的目的主要是解决管理效率问题，能够为管理目标即时提供数据，运行正常后再逐步改进管理，这点也是多数中小企业实施ERP的心态，这种方式的好处是实施快，企业可以很快看到实施的效益，缺点是实施后的管理改进缺乏动力，从而使erp仅成为一个数据管理工具。
总之，若想要ERP取得应有的管理效果，BPR是必需的手段，对于管理很混乱的企业而言，不妨按事前BPR的方式实施，可以先建立基本的管理体系，然后再实施ERP，这样成功的可能性会大一点，否则就不可能达到效果;对于已经有一定管理基础的企业，可以按事中BPR的方式实施，以便即时改进企业的管理;而事后BPR则是任何企业都可以进行的，这样一方面可以完善ERP系统的功能，一方面也可以优化企业的管理流程，从而使企业的管理水平达到一个新的境界。