首先，培养目的和方式的侧重点不同。专业硕士与学术性硕士的培养虽然处于同一层次，但两者之间的培养规格各有侧重，在培养目标上也有明显的差异。学术性硕士学位的设立是按学科分类，以学术研究为导向，偏重理论和研究，主要是为高等学校和科研机构培养专门的研究人员。专业硕士的培养方式主要以专业实践为导向，重视实践和应用，目的在于为企业等机构培养在专业和专门技术上受到正规的、高水平训练的高层次人才。专业学位教育的突出特点是学术性与职业性紧密结合，获得专业学位的人，主要不是从事学术研究，而是从事具有明显的职业背景的工作，如工程师、医师、教师、律师、会计师等。虽然09年考研招生在部分专业硕士领域可以面向应届生招生，但是，在选择生源时，各高校还是要求具有一定的专业背景。中央民族大学研究生院的青觉院长在谈到培养方式方面时，就强调专业硕士与传统的学术性硕士相比，更强调实用，考生在报考全日制专业硕士的时候，最好有相关的工作经验和专业学科背景。

其次，在学制与学费上两者也存在着比较大的差异。一般而言，学术性硕士的学制是三年，部分高校是两年(一般被称为“小硕”)，并且在校的大部分时间都是脱产学习，毕业时不仅可以拿到硕士学位证，而且可以拿到学历证，“双证”齐全。传统的专业硕士的学制是两年，其中全日制脱产学习时间仅为一年，大部分时间是专业实践，并且毕业时只能拿硕士学位证。相比之下，今年招收的全日制专业硕士研究生又有其自身的一些新特点。相对于学术性硕士而言，全日制专业硕士的课程设置更强调专业实践性;相对于传统专业硕士而言，全日制专业硕士在毕业时能“双证”齐全。在收费方面，学术性硕士有公费自费之分，传统的专业硕士全部是自费，并且收费普遍较高。如比较热门的MBA专业，一年学费高达13000元左右，个别名校的收费甚至更高。而今年招收的全日制专业硕士的收费标准要求不能高于传统的专业硕士。青觉院长说：“全日制专业硕士的收费各个高校的情况不一样，以中央民大为例，文科8000元/年，理科10000元/年，总的来说不能高于传统的专业硕士收费。全日制专业硕士都是自费的，但为了吸引优秀生源，民大对前五名实行奖励，也就是说提供公费名额。”

再次，在研究生待遇方面也有所不同。学术性硕士在校读研期间，可以享受国家对研究生的生活补贴和奖学金待遇，如果学生在校期间成绩优越，可以申请硕博连读。学生在毕业时可以取得“双证”，享受国家对应届毕业生的一些优惠政策。传统的专业硕士由于主要是针对在职工作人员的提升培养，因此在校读研期间享受不到学术性硕士的一些待遇，并且在毕业时由于只有毕业证，在某些需要“双证”齐全要求的岗位会有一些限制。全日制专业硕士又与传统的专业硕士不一样，学生在校期间都能和学术性硕士一样享受相关待遇，毕业时“双证”齐全，一般不会有什么限制。唯一和学术性硕士不同的是，高校一般不在全日制专业硕士中选拔硕博连读的学生。当然，如果学生愿意，在毕业时也能正常报考各个学校的博士研究生。

09年扩招的5万名面向应届生招生的全日制专业硕士，虽然在设立之初有出于对缓解就业压力的考虑，但是全日制专业硕士是一种全新的硕士培养模式，代表着我国未来研究生培养的趋势。跨考辅达老师认为：全日制专业硕士是我们国家研究生培养方面的一个创新，我们国家现在在进一步扩大专业学位的规模，专业学位培养的规模必须占到总的研究生培养规模的40%，否则高校将在研究生教育评估中将被评为不合格。事实上，不仅中国在扩大专业硕士学位培养的规模，国外的专业硕士学位培养规模也在不断扩大。有资料显示：美国硕士专业学位获得者的比例已占整个硕士学位获得者人数的55%以上。哈佛大学2001-2002年度授予学位总数为6791个，其中学术性学位2438个，占36%，专业性学位4353个，占64%。英国硕士和博士层次也都按研究型和专业型两个导向来培养。根据英国教育统计机构的统计数据，2003年至2008年期间，英国每年授予的课程型研究生(Postgraduatetaught)(专业学位)学位数占授予研究生学位总数的比重平均为75%左右。从整个社会发展来看，很多行业把硕士专业学位看作是进入行业、个人发展提升的重要依据，尤其在是工商、教育、工程和护理等领域。

由于我国的硕士培养模式改革还处于一个摸索调整阶段，全日制专业硕士又是第一年招生，并且是在世界遭受“金融危机”这个特殊的环境下产生，很多人对这一领域不了解，甚至会有一些误解，害怕政策和前途的不明朗。对于这些，中央民族大学的青觉院长也表示了某些担忧，但他依然相信，随着制度的不断完善，目前的一些问题都将迎刃而解，考生不必过于担忧。

目前我国经济处于调整发展期，虽然遭受了罕见的“金融海啸”的打击，但中国的经济发展势头依然强劲，社会急需专业领域的高素质人才。我们可以预见，在不久的将来，中国经济渡过了世界金融危机，全面发展之时，专业硕士作为专业领域的高层次人才，必将拥有巨大的发展空间!