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药品价格扭曲的成因首先在于供求关系，而主要原因在于多年来存在的“医药合办”体制赋予医院以特定的双重角色，既行医，又售药;“医药倒置”的医疗机构补偿机制为医院“以药养医”提供了内在激励。因此，必须理顺药品价格的形成和调整体系，这不仅对降低虚高价格、控制医药费用不合理增长意义重大，而且对整体推进医疗卫生体制改革也十分重要。

1、理顺和调整医疗机构补偿机制，加快医药分家。首先，调整目前医疗服务机构过度依赖药品价格加成的补偿机制，适当提高医疗服务价格，以体现医疗劳务活动中的知识技术和劳动价值。抑制医院只*财政拨款、提高医疗收费价格，多检查、多开药、多收费以求发展的弊端，着眼于扩大医疗服务范围，满足群众多方面的健康需求;解决技术劳务收费偏低的问题，逐步改革医疗价格体系，分层次、分等级定价，对不同的医疗机构，根据其服务内容和服务质量拉开档次，放开部分特殊医疗服务价格，充分调动医院自我发展的积极性。当然，医疗服务价格体系的调整必须充分考虑各方面的承受能力，要在严格控制物价总水平的条件下进行。其次，进行医药分家，把医院的门诊药房改为药品零售企业，自主经营、依法纳税，彻底切断医疗机构、医生和药厂、药商之间的直接经济利益联系。可以采取过渡性的步骤逐步实现。第一步，进行药品收支两条线管理，逐步弱化药品收益对医院的补偿作用;第二步，实行门诊药房独立核算，强化经营意识;第三步，实行门诊药房托管经营，将医院门诊药房委托给有药品经营资格和经营经验的单位全权管理和经营医院门诊药房;第四步，将药房剥离出医院，成立为独立的企业法人，改为药品零售企业。