与此同时，网络犯罪案件的查处往往困难重重。

一名基层网安大队的警察告诉记者，在他们接到的网络犯罪案件中，以最集中的网络诈骗为例，大多是单项的受害人或受害单位，价值比较小，达不到定罪标准且基本上涉案的犯罪分子都在外地。同时，技术难度大，网络诈骗的花样不断翻新，而公安机关破案的技术手段常常相对滞后，加之网络上都是虚拟身份，又给案件查处带来很大的困难。

中国社科院法学研究所研究员周汉华曾表示，网络犯罪链条较长，追查作案分子难度大，是目前网络犯罪案件大量涌现的重要原因。

在李怀胜看来，案件查处难是打击网络犯罪面临的重大课题。案件发生后，如果要查实，特别是要形成有效的证据链，需借助一定的技术侦查手段，投入大量的人力或物力资源。

跨地区的案件需要多个地区公安机关的配合，查处跨国案件更需要其他国家的配合与支持，这就面临着一系列刑事司法协作的问题。

如何才能更好地打击网络犯罪、维护网络秩序?李怀胜认为，在刑事实体法层面，首先要更新相关刑法规则，以适应打击网络犯罪的现实需要，因为网络犯罪不是传统犯罪的简单复制。

他以网络诈骗为例指出，原本网络诈骗无论变化形式多么多端，都没有脱离“非法占有”这个诈骗犯罪最本质的目的，因此刑法中的诈骗罪条款(刑法第266条)完全可以适用大多数网络诈骗。但目前司法实践中存在的问题是，一些网络诈骗采用频繁多次的小额诈骗方式进行，可能使传统诈骗罪的数额标准在网络空间中失去意义。

比如，开设一个假的中奖网站，诱骗注册并扣除手机费，每次只扣除一元，远远达不到诈骗罪的定罪标准，可是实际上当受骗的可能有上万人，其非法所得数额早已突破了定罪标准，司法机关如果要定罪量刑，就必须至少查证5000个受害人(假如诈骗罪的定罪标准为5000元的话)，其工作量和投入的司法成本是难以估量的。

根据《2012年中国网站可信验证行业发展报告》，60.3%的网民在网购中被骗的损失不足500元，损失额度在500元至2000元范围内的占33.4%，而损失总额却达308亿元。

对此，2011年，最高人民法院和最高人民检察院曾出台相关司法解释，对网络诈骗和电信诈骗中诈骗数额难以查证，但是具有某些情节的，可以定罪处罚，如“发送诈骗信息5000条以上的”、“拨打诈骗电话500人次以上的”。

“但是要证明一定的次数，还是有难度，再加上司法成本的问题，数额小、情节轻微的网络诈骗行为，不太方便，也不太值得。”中国政法大学教授阮齐林表示。

“网络时代的立法，除了传统刑法规则和刑法理念的自觉更新，以适应网络空间新的罪情变化之外，还应当考虑制定针对网络犯罪的单行刑法以及专门性的网络犯罪法。”李怀胜说，这样既能保持现有刑法的稳定性，也能更好适应网络犯罪的新变化。