（三）对税种确认和税额计算的深远影响。
比如，对现行所得税确认有深刻影响。现行所得税法主要立足于有形产品的交易，对于有形商品和无形财产的销售和使用作了区分，并且规定了不同的确认标准和适用税率。然而在网络经济中，有形商品以数字化形式交易与传输，使得有形商品和无形商品的界限变得模糊起来，如网上信息服务和数据销售业务中，电子书籍、报纸、CD及计算机软件和无形资产等由于易被复制和下载，就模糊了有形商品、无形劳务及特许权之间的概念，使得有关税务机关很难通过现行税制确认一项所得究竟是销售货物所得、提供劳务所得还是特许权使用费收入，易于造成课税对象的混乱，从而难以判定其适用的税率和征收的手段。
又如，对增值税确认有巨大影响。现行的增值税都是根据目的地原则征收的，确认销售目的地是税务机关依法征收增值税的关键。但就数字化商品和信息服务而言，销售者不知其用户所在地，不知其服务是否输往国外，也就不知是否应申请出口退税。同时，用户也不能确知所收到的商品（尤其是服务）是来源于国内还是国外，也就无法确定自己是否应补交增值税；当然也不纳关税，从而影响了本应缴纳增值税的税基，进一步对于非网上形成的进口业务构成了不公平竞争。此外，由于IP地址可以动态分配，同一台电脑可以同时拥有不同网址，不同的电脑也可以拥有相同的网址，并且用户可以利用匿名电子信箱，掩藏身份，使税务机关清查供货途径和贷款来源变得更加困难，难以明确征税还是免税，进而影响了税额的计算。
（四）对现行税法体系的挑战。电子商务等企业只有成了合法的纳税人，才可能明确地得到法律的保护，同时其经济利益才是可预测的，因为税收本身是任何一项商业活动都必须负担的一种费用，因而税法对税收的规范程度和执行情况也将直接影响着这项商业活动的最后利益。然而，各国现行税法都没有将电子商务这一新兴的商业贸易方式纳入征税的范围，这就使得电子商务税收问题处于一种不确定性之中。要解决这一问题，就必须适当修改现行税法，或对电子商务的税收问题进行专门的立法。
（五）对转移定价的影响 。在网络交易中，厂商和消费者拥有了世界范围的直接交易的机会，大大削弱了中间商的代扣代缴税款的作用，减少了税务监管的环节，使得全球企业集团内部高度一

体化，企业集团为了逃避税收或降低成本，越来越多的应用电子数据交换技术，更易于实现转移定价，在不同税负地区进行收入和费用的分配，从而转移利润，以实现避税或逃税。