凭证式国债从无到有，直至当前成为我国国债市场上的重要品种，这是一个较大的进步，是对国债市场的有力推动，也为国债二级市场的发展奠定了基础。但任何新生事物的起步和发展都必然地伴随着矛盾和问题。

期限结构不合理。在市场经济发达的国家，国债的短、中、长期结构比较合理，对于政府预算收支有着非常重要的意义。其中，短期国债可以用于经常性的财政支出和短期资金调剂，中长期国债可以弥补年度预算赤字，因此，发达国家国债的发行都有短、中、长期合理的搭配。而我国目前市场上的凭证式国债以二年、三年、五年的中期国债为主，短期国债(一年以下)和长期国债(十年以上)的比重过小。以2000年为例，一年期国债发行量仅占当年国债发行总量的4%;2001年国内首次发行十五年和二十年期长期国债，当年长期凭证式国债的发行量仅占国债发行总量8.19%，这种短期、长期国债比重过低的状况，不利于丰富国债期限结构，也难以满足投资者对国债持有期限多样化的需求

时间结构不合理。凭证式国债发行时间过于集中，缺乏均衡性，使国债发行规模在短时期内急剧膨胀，国家还本付息时间也过于集中，客观上不但影响了国债资金的有效使用，而且成为进一步扩大国债规模的障碍。同时，还会导致社会现金流量突变，使国债发行与投资者的闲置资金在时间、数量上不相适应，给金融机构的流动性管理带来冲击。

持有者结构不合理。我国凭证式国债持有者大多是个人投资者，个人持有的国债比例约为国债发行量的60%，大大高于西方国家，机构投资者相对缺乏，而且机构投资者无论从构成、分布和资源配置上都很薄弱，不便于国债集中托管进行交易。

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