税基狭窄，费用扣除缺乏科学性，有失公平。中国现行个税主要采用分类征税模式，基准狭窄，即将应税所得分为工资、薪金所得，个体工商户的生产、经营所得，对企事业单位的承包经营、承租经营所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得，利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得，偶然所得和经国务院财政部门确定征税的其他所得11类应税所得。这种征收模式计算简单，分别从源泉扣缴，适合于改革开放初期收入来源小且单一的情况。但是，随着社会经济的发展和纳税人收入来源的多样化和复杂化，若不及时调整个税分类，灵活、科学征税，容易出现多征、乱征的现象。目前，个税扣费一般只考虑个人日常支出情况，忽略了家庭相关因素、地域收入差异等影响，加重工薪阶层的负担，难以实现个税公平原则。同时，经济形势日新月异，个人纳税能力影响较大。费用扣除标准长期不变，滞后于经济的变化，现今通货膨胀、居民支出上涨，该享受低税负的人群不得不承担较高税负。

征管制度有待健全，偷税漏税现象比较严重。在所有税种中，个税纳税人数最多,征管工作量相当大,必须有一套严密的征管制度保证。目前，我国个税征纳以代扣代缴为主，自行申报为辅。对可以由支付单位从源泉扣缴的应税所得，由扣缴义务人代扣代缴。对于没有扣缴义务人的，由纳税人自行申报纳税。这种税收方式漏洞较大，中国九级税率档次中只有前四个税率档次实际普遍使用，后五个税率只为不足10%的高收入者设置，最高税率45%基本上形同虚设。税率越高，被征税对象尤其是高收入人群，偷税漏税的动机越强烈，于是出现了化整为零，以实物、债券、股权分配等方式进行偷税漏税等种种现象，且屡禁不止。据中国经济景气监测中心会同中央电视台《中国财经报道》对北京、上海、广州等地的七百余位居民进行调查，仅12%的受访居民宣称完全缴纳了个人所得税，24%的受访居民承认只缴纳了部分或完全未缴纳个人所得税，逃税避税严重。究其原因，主要在于自行申报制度不健全，代扣代缴制度难以落到实处,征管手段落后,难以凑效。税务部门征管信息传递不准确，时效性很差;与其他相关部门缺乏实质性的配合措施(比如税银联网、国地税联网等)，缺乏全国范围内统一的信息共享和信息规划;执法水平不高，尚未形成以计算机网络为依托的现代化技术手段。这些在一定程度上影响了税款的征收。

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