以上述认识为前提,就知识产权请求权是否应当适用诉讼时效制度的问题,相对于最高人民法院三个司法解释所持否定立场,本文所持肯定立场无疑更具合理性。
    首先,虽然在物权领域中,由于物的长宽高等外在形体和摆放场所原因,现实存在的妨害和危险足以向不特定第三人表明存在相应权利,第三人不会产生物权请求权不存在的信赖,但知识产权领域中的情形与此完全不同。知识产权的客体一一“知识”没有外在物理形态和场所限制,对知识产权的侵害和危险表现为未经知识产权人同意,利用其权利范围内控制的知识,现实发生的侵害和侵害危险根本无法向不特定第三人表明存在相应知识产权,不特定第三人将因此而产生知识产权请求权不存在的信赖,这种情况下,知识产权请求权适用诉讼时效以保护不特定第三人信赖利益、维护社会公共利益的功能就存在适用的可能性和必要性。
    其次,知识产权请求权适用诉讼时效会使知识产权一直处于受侵害或者有受侵害之虞状态的观点也值得商榷。在有些情况下,知识产权请求权适用诉讼时效虽会使知识产权处于一种被行为人持续利用的状态,但此种状态在权利人提出诉讼后是否再构成侵权或者侵权危险,其实是一个看问题的角度问题。按照诉讼时效经过后的抗辩权发生说,诉讼时效届满后,被告获得永久性对抗权利人请求权的权利,实质上相当于获得了一个法定的免费普通实施许可,【36】因而自权利人提起诉讼后,不再存在适用诉讼时效的侵权或者侵权危险状态。更为重要的是,知识产权权利人长期不行使请求权,将使义务人产生一种权利人不再行使请求权的信赖,并因此而增加投资,扩大生产规模,与他人建立新的交易关系,从而促进知识的有效利用,加快知识的传播。如果知识产权请求权不适用诉讼时效,知识产权人随时有可能挥舞知识产权的大棒跳出来行使请求权,这无疑会打破既定的财产关系和交易秩序,导致社会资源的极大浪费,无益于知识的利用和传播,导致法律创设知识产权促进社会公共利益的目的实现受阻。在此情况下,知识产权请求权适用诉讼时效制度的第二个主要功能,即敦促知识产权人行使权利、惩罚躺在知识产权身上睡觉的权利人存在适用的必要性。
    其三,即使专利权、商标权、植物新品种权、集成电路布图设计权等经过申请、审核、登记、公告等程序的知识产权,请求权也应当适用诉讼时效制度。虽然对于经过登记的不动产物权而言,只要权利登记薄上仍然显示不动产权属状况,第三人不会产生登记权利没有返还原物请求权不存在的信赖。但对于专利权等知识产权而言,申请、审核、登记、公告等程序发挥的不仅仅是公示作用,更重要的是授权作用,因此即使不考虑冒认申请【37】的情况,考虑到还存在无效宣告、撤销、审判等确权程序,特别是由于权利证书控制的知识和行为人实际使用的知识是否完全相同无法判断,不特定第三人即使看到权利证书,也不会当然产生存在真正有效知识产权和知识产权人会针对利用人行使停止侵害请求权或者停止侵害危险请求权的信赖,并进而作出相应的民事行为。可见,即使对于专利权等经过申请、审核、登记、公告等程序的知识产权,对其请求权适用诉讼时效制度保护不特定第三人信赖利益、维护社会公共利益的核心功能依旧存在适用的可能性和必要性。