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依据该条例的规定,知识产权海关保护的内容主要包括:扣留即将进出口的侵权嫌疑货物、对货物的侵权状况等进行调查、对侵权货物的收发货人进行处罚、没收和处置侵权货物等。
    中国海关有权在三种模式下采取知识产权保护措施:
    第一,知识产权权利人发现侵权嫌疑货物即将进出口后向海关提出申请,海关根据知识产权权利人的申请扣留侵权嫌疑货物。
    第二,对于在海关总署备案的知识产权,尽管知识产权权利人事先未申请扣留,但海关认为有关货物涉嫌侵犯在已备案的知识产权的,可以依职权主动采取扣留和调查,在确定属于侵权货物后予以没收;在依职权扣留模式下,海关有权主动采取制止侵权货物进出口的措施,所以,依职权扣留模式也被称作海关保护知识产权的“主动保护”模式。
    第三,海关对个人携带或者邮寄的超出“自用、合理数量”的侵权物品,海关予以没收。在实践中,行邮案件所占据的比例越来越大。在2007年,中国海关依职权采取知识产权保护措施以及在行邮渠道主动查获侵权物品的案件占案件总数的99%,其中主动保护占14%,而行邮案件占85%.相反,依权利人申请扣留侵权货物的案件不足1%.
    知识产权权利人可以依照本条例的规定,将其知识产权向海关总署申请备案;申请备案的,应当提交申请书。申请书应当包括下列内容:
    (一)知识产权权利人的名称或者姓名、注册地或者国籍等;
    (二)知识产权的名称、内容及其相关信息;
    (三)知识产权许可行使状况;
    (四)知识产权权利人合法行使知识产权的货物的名称、产地、进出境地海关、进出口商、主要特征、价格等;