1.经营目的不同。营利性医疗机构运行的目标是为了追求利润最大化，对于收入的利润可以分红和用于回报投资者，赚钱是营利性医疗机构的最终目的。非营利性医疗机构虽然也有利润，但这些利润只能用于扩大医疗规模和自身发展、用于购买设备、引进技术、开展新的服务项目，或者用于向公民提供低成本的医疗卫生服务。运行的目标不是为了赚钱，而是为了实现特定社会目标，实现社会效益的最大化。

2、财政补贴政策不同。根据财政部、国家计委、卫生部《关于卫生事业补助政策的意见》规定，政府办的县及县以上非营利性医疗机构以定项补助为主，由同级财政安排。补助项目包括医疗机构开发和发展建设支出、事业单位职工基本养老保险制度建立以前的离退休人员费用、临床重点科学研究、由于政策原因造成的基本医疗服务亏损补贴。基本医疗服务原则上可以通过收费补偿。由于政策原因造成的亏损和除药品收支结余弥补后的差额，由财政给予补助。而营利性医疗机构则没有任何财政补助。3、对于收费价格管理要求不同。营利性医疗机构提供的医疗服务实行市场调节价，医疗机构根据实际服务成本和市场供求情况自主制订价格。非营利性医疗机构提供的医疗服务实行政府指导价，医疗机构按照价格主管部门制订的基准价并在其浮动幅度范围内确定本单位的实际医疗服务价格。

4、税收政策不同。财政部、国家税务总局《关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》(财税[2000]42号)明确规定了非营利性和营利性医疗机构的税收政策：对非营利性医疗机构的税收政策：(1)按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收;不按照国家规定价格取得的医疗服务收入，不得享受这项政策。(2)从事非医疗服务取得的收入，如租赁、财产转让、培训、对外投资收入应按规定征收各项税收。非营利性医疗机构将取得的非医疗服务收入，直接用于改善医疗卫生服务条件的部分，经税务部门审核批准可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税。(3)对非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值税。(4)非营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收。(5)对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。

对营利性医疗机构的税收政策：(1)该机构取得的收入，按规定征收各项税收。营利性与非营利性医疗机构的区别但为了支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构所取得的收入中直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，三年内给予下列优惠：对其取得的医疗收入免征营业税;对其自产自用的制剂免征增值税;对其自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税，三年免征期满后恢复征税。(2)营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收。

5、机构终止业务后的处理方式不同。营利性医疗机构如经营不善而终止业务活动，投资者可以自行处置其剩余资产;而非营利性医疗机构在终止业务活动后，其剩余资产只能由社会管理部门或其他非营利性医疗机构处置。

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