抗日战争爆发，秦基伟受命以“游击战教官”身份只身前往山西太谷一带组织抗日武装。不到一月就组织了300余名各界爱国青年攻下太谷县城，夺步枪17支，打出了“太谷抗日游击队”旗号，任总指挥，率队上了太行山，开始了创建太行山敌后抗日根据地的艰苦斗争。
1937年11月，八路军一二九师独立支队组成，对外称“秦赖支队”，秦基 伟任司令员。
1938年春，秦赖支队发展到五千余人，在17个县内建立了拥有百余万人口的游击根据地，威震晋中。4月，参加粉碎日寇晋东南九路大“扫荡”战斗。此战之后组建晋冀豫军区，秦基伟任第一(晋中)军分区司令 员。
1940 年6月，秦基伟调任一二九师新编第十一旅副旅长，率部参加了百团大战。
1941年3月， 任太行军区第一分区司令员，带领军民渡过了抗战最艰苦的时期，被誉为不怕苦的“咬牙干部”。每战必亲临前沿侦察、指挥。1945年8月，他身穿便衣，腰插菜刀，夜闯太行山下小根村日寇炮楼，老区人民说他像走亲戚一样就炸飞了炮楼，称他为“秦大胆”。后任太行军区司令员，率领部队和民兵展开大反攻。攻打临城时，敌人火力强大，我军伤亡极重，他亲自端机关枪压制敌人的火力，掩护部 队冲入敌阵夺取胜利。
1947年8月，晋冀鲁豫野战军第九纵队在河南博爱王卜昌地区成 立，秦基伟任司令员。为配合野战军主力挺进大别山，他率部强渡黄河挺进豫西，楔入八百里伏牛山，连克县城15座。尔后攻洛阳，战南阳，克郑州，参加淮海战役，率部围歼国民党军黄维兵团。
1949年2月， 九纵队整编为第二野战军四兵团十五军，秦基伟任军长，参加了渡江、两广、解放大西南战役。
1951年3月，经三次请缨，秦基伟 率领被改编为中国人民志愿军的第三兵团十五 军参加抗美援朝战争，秦基伟任军长。
1952年10月14日，开始了著名的上甘岭战役。中国人民志愿军第十五军是坚守上甘岭的主力部队，面对美军6.2万余人、118 辆战车、350门大炮、3000多架次飞机以及投下的200多万发炮弹、万余枚炸弹，十五军坚守上甘岭40余天，顶住了“世界战争史上最猛烈的一次火力攻击”，把美军牢牢钉在上甘岭前，打得骄横的侵略者只好再在谈判桌前低下头来，从而加速了抗美援朝战争胜利的进程。
1953年6月16日，毛泽东主席接见了秦基伟。
1955 年被授予中将军衔。历任云南军区副司令员、昆明军区副司令员。
1957年毕业于南京军事学院，后任昆明军区司令员兼中共云南省委 书记处书记。
文化大ww w.fwdqw.com革命时期，被冠以“保皇派”、“走资派”等罪名，遭到残酷的批斗，被下放到湖南省常德市西湖农场劳改，女儿秦晼江陪伴父亲挑粪、种 菜。期间，秦基伟种出了37斤重的大冬瓜，在当地传为佳话。
1973年恢复工作，任成都军区司令员。
1975年10月调入北京军区，先后任第二政委、第一政委、司令员。
1981年，受中央军委委托，秦基伟成功地组织了著名的华北实兵实弹战役大演习。
1984年国庆35周年，秦基伟担任了国庆大阅兵总指挥。
1988年任 国务委员兼国防部长，授予上将军衔。
1993年，秦基伟被选为第八届全国人民代表大会常委委员会副委员长。秦基伟先后当选为中国共产党第十一至十三届中央委员，第十二届中央政治局候补委员，第十三届中央政治局委员，中央军委委员、常委。
1997年2月2日，秦基伟同志因病在北京逝世。
着有《秦基伟回忆录》。