在政府的高度保护下，日本农户收入稳步提高，但农业竞争力并未因此提升。因此，日本政府在土地精耕细作基础上加大了农业的规模化经营，并加快高附加值产品的开发，以期利用绿色ICT等新技术生产高附加值、节能环保的绿色食品。

制造业是日本全部产业中最具国际竞争力的领域，在其经济发展中起着非常重要的作用。日本制造业约占其GDP的20%，就业的20%，研发费的90%，贸易输出额的90%。从1998年—2008年间，尽管日本制造业生产总值占GDP的比重有所下降，但制造业中最具比较优势的电气机械、运输机械和信息通信机械制造行业的实际GDP额均出现了不同程度的增长，三产业年均增长速度分别是9.9%、3.8%和29.6%。日本制造业充分利用高技术实现了产品的高加工度化和高附加值化，使制造业劳动生产率提高的速度远高于其他产业。从2000年—2007年，日本制造业的劳动生产率年均增长4.55%，服务业年均增长1.38%，全产业年均增长2. 18%。而且，近年来对经济增长贡献最大的仍然是汽车等被升级改造过的传统制造业。2003年—2007年，日本名义GDP增长了13兆日元，其中汽车相关产业贡献了6兆日元。

1985年广场协议后日元大幅升值，制造业大规模向海外转移，日本国内逐渐出现产业空洞化。2011年日本出现了自1963年以来首次由产业转移造成制造业空洞化的贸易逆差，除了受大地震和日元升值影响外，也有日本制造业本身的问题。目前，日本在中高端制造业上与美、德等发达国家竞争。金融危机后，美国政府出台了一系列重振制造业的措施，再加上生产率提高、美元贬值等因素，美国制造业的劳动成本下降，竞争力提高，而日本制造业的竞争力相对下降。

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