审计作为经济监督的一种工具，其最终的目的也是为了提高经济效益。但在很长的时间里，审计通常在单纯的财务审计基础上，通过查错防弊来间接地提高经济效益。 详细内容请看下文企业绩效审计的难点。

直到二十世纪中后期，随着受托责任理论和绩效审计理论的发展，西方一些企业开始注重健全自身的管理体制，大力推行职能管理和行为科学管理，以加强企业内部控制制度，提高内部工作效率。企业管理者对审计工作也有了新的要求，要求审计工作的重心从传统的查账转到健全和完善企业管理机制，提高经济效益的轨道上来，由此相继产生各种以提高经济效益为目的的审计形式，如管理审计、业务经营审计、效益审计、综合审计等，这些审计各有侧重，但是核心都是以经营管理活动为对象，以提高经济效益为目的，这些审计在我国通常称为绩效审计，可定义为：独立的审计机构或审计人员，利用专门的审计方法，依据一定的审计标准，就被审计单位的业务经营活动和管理活动进行审查，收集和整理有关审计证据，以判断经营管理活动的经济性、效率性和效果性，评价经济效益的开发和利用途径及其实现程度。审计署2007至2012年审计工作发展规划指出，未来将全面推进绩效审计，促进转变经济发展方式，提高财政财务资金和公共资源配置、使用、利用的经济性、效率性和效果性，推动建立健全政府绩效管理制度，逐年加大绩效审计份量，争取到2012年，每年所有的审计项目都开展绩效审计并基本建立起符合我国发展实际的绩效审计方法体系。绩效审计已成为审计工作的发展方向，现实中的审计工作重点也已逐步由真实性、合法性向效益性转变移，但就目前来讲，企业审计部门开展绩效审计还处在零散的、单个的，还没有形成系统的、规范的、完全独立的审计类型，大多在财务收支审计以及其他专项审计中反映出一些绩效审计问题，其原因主要是企业开展绩效审计时存在难点。

(一)绩效审计的基础比较薄弱。绩效审计的基础是要求被审计单位提供资料数据(包括财务资料数据和非财务资料数据)，以此来对被审计单位的经济效益进行评价。任何经济效益评价都离不开基础数据和资料的支持，否则一切评价都将失去意义。基础数据和资料只有真实、合法，才能真正的发挥其作用，否则会使绩效审计评价失去意义。当前，由于我国各行各业经济违法违规、弄虚作假现象还不同程度地存在，这必然会影响到绩效审计的顺利开展。

(二)缺乏具有针对性的指标评价标准。我国的《审计法》及其它相关的审计制度仅仅指出审计要达到效益性的目的，而对如何具体开展绩效审计并没有定论，即没有绩效审计方面的指标评价标准。虽然2007年中国内部审计协会发布了关于经济性、效果性、效率性审计的第25、26、27号内部审计具体准则，在此三项具体准则中对经济性、效果性、效率性审计的内容、方法和评价标准作出了一般规定，但具体准则同时说明内部审计机构和人员应当选择适当的效率性审计评价标准，由于绩效审计的对象千差万别，衡量审计对象经济性、效率性和效果性的标准难以统一，甚至是同一项目，会有多种不同的衡量标准，采用不同的衡量标准，得出的结论会有天壤之别，因此审计机构和人员如何选择适当的指标评价标准存在很大的困难。