1.品德问题：学校方普遍反映，在品德方面学生不良表现有：学生个性越来越强，不能很好团结同学;学生纪律越来越差，教学组织与管理难度大;暴力倾向突出，打架斗殴时有发生，学校难以管理;学生谈恋爱的越来越多，学习方面动机较弱，思想品德教育越来越难。
2.厌学问题：教师们普遍反映，在广大农村因初中升高中的比例偏低、高校毕业生就业困难等现实，造成了新的读书无用思想流行于学生和家长之中;学习中等及以下的学生看不到升学的希望(很多学校都只有20%左右的升学率)，厌学情绪越来越浓，没有学习动力的学习质量也就难以保证。
3.学习质量问题：农村中学因为教师任务重、素质不高、教学研究缺乏，加上班额大(有的学校80多人一班)，学生学习动机又不强，整体上容易导致初中学生学习质量问题普遍存在。
4.行为习惯问题：学生的思想品德问题都会通过其行为表现出来，教师对学生日常行为习惯不满意的是学生缺乏基本的文明礼貌，在学生之间、学生与教师之间、学生与家长之间都缺乏必需的礼节素养，学生行为习惯、日常用语、待人接物、言谈举止都应纳入到学校课程教育之中，特别是学生的礼仪教育要加强。
5.学生流失问题：在西部农村因为义务教育的条件相当困难，加上学生、学校、家庭、地方等方面经济困难、升学困难、教育失当、学生厌学、地方文化落后等原因，初中学生，特别是初中二年级开始，学生流失多、辍学多。
6.学生安全问题：农村中学也面临着社区环境恶化、治安不良、社会风气影响校园、学生人际关系复杂等困惑，令学校越来越担心的是学生在人身方面、精神方面都有易被伤害的问题，诸如常有学生被敲诈、勒索、恐吓，学生被暴力侵袭;家庭方面、教师方面的精神虐待与惩罚;还有社会的黄、赌、毒也在影响学生的健康发展与良好品德形成。
此外，农村初级中学的学生还存在法制意识差、学生处罚难、教育难等教育问题，需要学校、家庭与社会加强对学生的协调统一的教育与管理。
(三)学校发展中最紧迫的问题
1.教育环境问题：所有的学校教师与管理者都反映，现在学校的教育环境问题严重：一是社会经营性网吧对中学生的冲击较大，不少学生迷恋网吧而失去学习的积极性;二是社区对学校的教学需要的条件维护较差，如噪声的污染、空气的污染;三是政府对学校教育环境秩序的保护需要加强，社会各种管理部门检查太多、文件太多、收费太多，加上社会人员干预、扰乱学校教学秩序事件时有发生，学校苦不堪言。
2.办学条件问题：在东部与中部许多地方，最漂亮的就是学校，而在西部农村就没有这么幸运。被调查学校基本都反映：学校硬件、软件不好、教育资源欠缺。一是教室不够用，只好让80-90个学生挤在一起;二是没有运动场或运动场很不规范，根本不能开展正常的教学与训练;三是办公条件差，教学管理所需要的办公电脑少，在19所中学中，仅有教学、办公电脑155台，许多学校根本没有办公电脑，懂电脑的教师也少，会用电脑的教师仅418人，占所有专任教师的28.93%;四是学校配套设施少，教师学生住房困难，大多数中学教师两人共住一门，学生两人共睡一床。
3.教育经费问题：农村教育经费短缺是制约农村教育发展最重要的决定因素。教育经费问题主要表现为几个方面：一是正常的教育预算低，县级财政紧张，出现保吃饭、保工资、保稳定，对于教育发展所需要的大量投入已力不从心;二是教育经费管理问题极不规范，教师工资在一个地区的不同县就出现工资结构差别大，有的县只发基本工资，所有补助都一刀切，极大地影响了教师的积极性与稳定性;三是尽管中央政府三令五申要求地方政府保护教师与学校权益，但学校经费(学生杂费部分)被地方政府统筹掉20%的违法政策依然存在，这种釜底抽薪的做法无异于野蛮地摧残教育。学校和教师被迫订书、订报现象仍然存在，造成教育经费雪上加霜;四是普九验收带来的债务问题相当严重，在调查的学校中某校已有180万元债务，凭学校的财力永远无法还清，地方政府对办教育的主体至今没有认识清楚，将债务推向学校可以说是不履行职责的渎职行为，而政府这种失职将严重影响学校的正常运转与教育教学质量。
4.教学质量问题：农村中学的质量是教育最核心的问题，一是由于经费没有保障、师资没有保障、环境没有保障、教学设施没有保障，学校教育质量自然可想而知了;二是由于农村初中教师对新课程的实施不太理解、学校也缺乏新课程实施的基本条件、基本指导，也导致新课程、老教法、新内容、老理念等问题，影响教育质量的改变与提高。
5.教育效益问题：在有限的教育资源下，又存在着巨大的资源浪费。具体表现为学校布点设置中缺乏科学规划，导致有限经费平均分配、分散使用，而学校的调整与合并，又空出许多校舍，造成极大的浪费;二是人员方面因为乡镇机构改革、教育办的撤销等举措，导致中心校教职工比例失调，形成潜在浪费，严重影响教育的正常效益。
此外，农村中学在管理与发展上还存在管理模式问题、办学理念问题、校务公开问题、教师聘任问题、教师的培训与进修问题、学校的图书馆、实验室、阅览室、办公室建设问题等。
三、有关建议
中国大多数人口在农村，也意味着大多数中国人只能接受农村中小学教育，农村中小学教育的现状并不是十分的理想，而是面临着诸多问题与困难。面对农村教育对中国未来的重要影响，政府与教育主管部门都意识到了发展农村教育的迫切性，但如果只是想通过课程改革、教师管理改革、教育收费的改革等来促进其发展的话，就是片面的和不切实际的，对于农村教育最重要的是教育条件与教育资源的绝对保障。
为此，我国理论界与管理界在研究教师专业化的时候，应关注农村教师的生存状况与发展水平;在研究素质教育的时候，应促进政府保证农村初中升高中的瓶颈问题，切实扩大高中的办学规模，缓解升学的巨大压力，为只能应试的学校、教师、学生、家长松绑;第三在研究新课程、推行新课程的时候，多研究农村的教育实际，尽量保证课程标准具有中国农村的特色、符合农村的条件、能促进农村经济、文化的发展;政府部门与教育主管部门在推行学习化机关、提倡新思想、新思路、新举措的时候，为教育投入、教育环境、教师的困难、学校的办公条件着想，真正落实“国兴科教、科教兴国”的战略。