其一，第1、2、3篇，论先秦经学。第1篇在略言经孔子之手而“六经始备”后，即叙述孔门传经之事，但以“所惜诸儒所传，今皆亡佚，不复能考其家法。经学家法最古而犹传于今者，惟卜氏子夏”，因而着力考察子夏传《易》、《诗》、《礼》、《春秋》、《论语》的功绩。第2篇先说孟子的经学，强调“赵岐序《孟子》，以为尤长《诗》、《书》，实则孟子于《春秋》尤深，如‘《春秋》无义战’、‘《春秋》天子之事’之类，其宗旨与《公羊》为近”。接着论述荀子的传经之功，认为“圣门诸经犹能流传，至今绵延不绝者，卜子之后，以荀子为最著”，所以广征群籍，对荀子传承诸经详加考述，指出“荀子之学，于《易》、《诗》、《春秋》、《礼》、《乐》无所不通，门弟子传其学者，于汉初为最盛”。第3篇在略及子思之学后，主要根据大、小戴《记》所存《曾子立事》、《曾子问》等篇章，表彰曾子的渊博之学、王佐之才，认为“《立事》诸篇所言，皆纯粹平实，诣其极可以希圣贤，下亦不失寡过”。皮锡瑞还援引汉人之说，论说“《孝经》一书，孔子特传曾子”。关于先秦经学的流布情况，这三篇文章根据当时所能查考的资料，作了较为详尽的考察。
其二，第4、5篇，述说秦朝至西汉前期的经学，论及叔孙通、陆贾、贾谊和董仲舒。叔孙通为西汉创立朝仪，并无著述传世，但皮锡瑞根据魏人张揖《上(广雅)表》所言，提出“今之《礼记》为叔孙通之所撰定，传经之功，不在伏生、高堂生诸儒之下”，足备一说。关于贾谊，皮锡瑞根据《经典释文·叙录》所载，认为他是荀子再传弟子，并说：“荀卿尤长于《礼》，故贾子《新书》言礼最详。汉初其书盛行，司马迁、刘向著书，多见称述。”又指出大、小戴《记》即多采贾子言礼之文，并说“今人读二戴《记》文，不知其出于贾子，亦犹读二戴《记》文，不知其出于荀子也”。这里对贾子学术源流的考辨，令人有耳目一新之感。第5篇在全稿中篇幅最长，主要论述董仲舒的经学思想。皮锡瑞称赞说：“董子传《公羊》，《春秋繁露》所载，皆言经义，且皆与《公羊传》合。是董子之于经学，尤为专门名家。”他检点《春秋繁露》中《楚庄王》、《王道》、《三代改制质文》各篇的相关言论，指出何休的“三科九旨”之说均可见于董子书中，因而得出结论说：“何劭公《解诂序》自云本胡毋生条例，非出董生，而说三科九旨已见董子书中，足见微言本出孔门，非何氏创说，亦非董子创说也。”何休对《公羊传》所作以“三科九旨”为核心的一套说解，被后世目为“非常异议可怪之论”，历来遭到批驳。皮锡瑞在这里实际上是想通过对董子经说的发掘，将其指为圣门心传，为《公羊》家的微言大义之学力作辩护。又因后人“或以董子好言灾异为疑”，皮锡瑞还对汉儒的灾异思想和谶纬学说作了评析，批评后人不明《春秋》“以元统天、以天统君之义”，动辄指责汉儒不应言灾异、引谶纬，“非特不善论世，亦未为通经”。
其三，第6、7、8、9、14篇，论述两汉今、古文经学的分立及其缘由。皮锡瑞强调“说经宜先知汉今、古文家法”，因此遍考《史记·儒林传》等汉代文献，对两汉经学先有今文、后有古文的事实作了认真考察，指出“汉时今文先出，古文后出”，认为西汉的传经之儒“皆后世所谓今文家，无所谓古文也”。他又考辨《史记》各篇出现的“古文”二字，指出“史公所谓‘古文’，或亦指文字言，非必如东汉以后所谓古文家也”。他还考察《熹平石经》残字，认为“其文与今读本不同，即汉所谓今文;今之读本乃郑康成以后所传之古文也”。关于两汉经学从今文变为古文的经过，皮锡瑞指出三点：第一，西汉所立十四博士“皆后世所谓今文家，当时既未别立古文，亦未尝别标今文之名”;第二，刘歆始创古文之学，古文经书流传于世;第三，东汉明帝为古文学导以利禄之途，古文经学从此大行，“古文既行，遂以博士所传别为今文……今、古文至是遂分门角立矣”。至于东汉崇奉古文以更易今文的原因，他归结为二：一是学术久则必变，“由汉初至汉末二百年，通行今文家说，文繁义复，至于说《尧典》十余万言，说‘若稽古’三万言，颇为人厌恶矣。刘歆创通大义，昌明《周官》、《左传》、《毛诗》、《古文尚书》，名虽古而实新，喜新者必靡然从之”;二是文字久而致讹，“汉初诸儒改古文为今文，教授生徒，取其通俗。当时既无刷印版本，专凭口授手抄，讹以传讹，自不能免……遂以召古文家之攻击。其始不过以古文正今文之讹误，后乃别创新说，并据古文改易今文之训解。此风一煽，卫、贾、马、许继之。既立古文诸经，必尽易今文诸说……其始不过巨子自抒心得，开辟途径，从而和之者遂并前人之说而尽易，如拔赵帜而立汉帜，以为不如此不足以别立一家。义虽新而文古，好古者靡然从之”。
其四，第10、12篇，论说郑玄如何败坏西京家法，申论“治经必严家法”。皮锡瑞先指出郑玄的为学历程是先通今文，后通古文，再从其所撰群经笺注中，总结出郑学的特点是“不皆古文，亦不皆今文”。他称赞两汉诸儒笃守家法，各守门户，两家经说不相杂厕，今、古文分别甚晰，郑玄却杂采今、古文不加分别，使西汉今文之学走向衰亡。他论述说：“当时今、古文家各持一说，莫能相通，见郑君能别出手眼，为之沟通，按之皆有左证，于是众论翕然宗之……于是人皆舍其今、古专门之学，而专宗郑氏。自郑之《毛诗笺》出，而齐、鲁、韩三家废矣(先习《韩》，后通《毛》，以《韩诗》改《毛》字)。《古文尚书注》出，而欧阳、大、小夏侯三家废矣(郑注伏生《大传》，时以《古文尚书》改其字)。《三礼注》出，而大、小二戴废矣(郑本习小戴，后以古经校之，取其义长者为郑氏学)。《论语注》出，而齐、鲁《论》废矣。又自汉末丧乱，经籍道息，迨乎永嘉南渡，戎狄乱华，于是齐、鲁《诗》，欧阳、夏侯《尚书》皆亡，而今文之学终焉。”皮锡瑞接着指出两汉经学有一言师法、一言家法之异，认为“先有师法，而后能成一家之言。师法者溯其源，家法者衍其流也”。他遍检《后汉书》，得出东汉一代“不修家法之戒甚严”的结论，并进而提出：“治经必严家法，方不至臆说乱经，五经博士各治本经，方不至变改师说。”
其五，第15篇，略述西汉今文学的中绝与复兴。与第10篇论说郑学盛行而使西汉十四博士之学渐次亡佚不同，皮锡瑞此处主要从刘歆议立古文诸经和魏晋以来的政局动乱，来检寻今文衰绝的原因，指出：“刘歆议立诸经，至汉末而诸经盛行，今文博士所传无一家存者。……既有郑君大师，又遭汉末丧乱，晋复不竟，五胡乱华，永嘉之乱，《易》亡梁丘、施氏、高氏;《书》亡欧阳、大小夏侯;《齐诗》魏世已亡，《鲁诗》不过江东，《韩诗》虽存，无传之者;孟、京、费《易》，亦无传人;《公》、《谷》虽在若亡。于是今文之传绝矣。”皮锡瑞接着又写道：“乾嘉以后，阳湖庄氏乃讲今文之学，孔广森治《公羊春秋》，孙星衍于《尚书》兼治今、古文，陈乔枞治《今文尚书》、齐、鲁、韩三家《诗》，魏源作《书古微》、《诗古微》、《公羊古微》，凌曙作《公羊礼证》、《春秋繁露注》，陈立作《公羊义疏》，王馆长(按，指时任湖南师范馆馆长的王先谦)作《三家诗义疏》，已成《周南》、《召南》、《邶风》，锡瑞作《今文尚书考证》、《尚书大传疏证》。”推寻其意，是想通过列举诸家对西汉今文学说的研究，来说明今文经学在清代的复兴。
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